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[求助]
小女子關(guān)于Gaussian 的一些問題，初涉入此方面，請老蟲們口若懸河發(fā)表意見。
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| 我的專業(yè)是液相色譜分析，研究離子液體，萃取性能什么的。最近導(dǎo)師想讓我深層次用計(jì)算的方法研究離子液體的構(gòu)效關(guān)系，國際認(rèn)可的計(jì)算我就知道高斯，閱讀了一些資料后發(fā)現(xiàn)高斯的計(jì)算全靠計(jì)算機(jī)，只要會輸入程序就可以出現(xiàn)結(jié)果，運(yùn)用高斯可以計(jì)算出許多結(jié)果，我有點(diǎn)迷茫，這些數(shù)字化的結(jié)果如何運(yùn)用于實(shí)驗(yàn)的探討？比如我計(jì)算出了某分子的電荷和電勢，化學(xué)鍵什么的，這些數(shù)據(jù)怎么用呢？還有，高斯能用來計(jì)算離子液體的相關(guān)數(shù)據(jù)么？這個(gè)想法有可行性么？對于萃取過程，高斯能研究么？大家都怎么把高斯的計(jì)算數(shù)據(jù)與實(shí)驗(yàn)結(jié)合的呢？？？ |
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ChemiAndy
木蟲 (正式寫手)
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你們老板的意圖是讓你做QSAR。QSAR是一種在藥物研究領(lǐng)域里廣泛運(yùn)用的唯象的方法，基本上是這樣的，它并不關(guān)心藥物分子是如何與蛋白相作用并起療效的，而是從一大堆有效果的藥物分子中，用統(tǒng)計(jì)關(guān)聯(lián)的方法，建立起一些基團(tuán)與療效的關(guān)系。其中有很多模型。做QSAR的就整天用一些藥物數(shù)據(jù)庫和藥效數(shù)據(jù)庫之間，去套這些模型，得出特定參數(shù)(電荷分布啦，幾何結(jié)構(gòu)啦)和關(guān)聯(lián)度，然后宣稱確定了藥物開發(fā)的新方向。很早呢，QSAR確實(shí)幫助制藥公司發(fā)現(xiàn)了一些基團(tuán)和療效的關(guān)系，有一些實(shí)際作用。但是，由于不研究具體的binding和靶點(diǎn)的生理機(jī)制，它們的結(jié)果可信度往往大打折扣。說實(shí)在的，很多學(xué)化學(xué)的是看不起做QSAR的，認(rèn)為這是不懂化學(xué)的人才會去這樣做。我們老板一律拒審QSAR的文章。做QSAR的文章大多影響因子很低，就是因?yàn)樗麄儗茖W(xué)發(fā)展沒有多大幫助。 我個(gè)人倒認(rèn)為每一種方法都有其合理之處。統(tǒng)計(jì)這個(gè)方法本身其實(shí)是科學(xué)的。要不要深入到化學(xué)本質(zhì)取決于目的。所以，我建議你在做之前，考慮一下這個(gè)方法的合理性，即離子液體的萃取性能與分子結(jié)構(gòu)之間，是否存在良好的相關(guān)性？流動相，固定相與待分離組分之間的分配關(guān)系是由什么化學(xué)概念決定的？對于此概念，你能夠提取一個(gè)什么樣的關(guān)鍵參數(shù)來進(jìn)行計(jì)算和關(guān)聯(lián)？這樣的參數(shù)，能否使用量子化學(xué)進(jìn)行計(jì)算？如果能的話，其準(zhǔn)確程度能否滿足關(guān)聯(lián)的要求？ |
10樓2011-10-26 12:56:46
scottfreedom
金蟲 (正式寫手)
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【答案】應(yīng)助回帖
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gmy1990(金幣+2): 2011-10-25 15:18:00
gmy1990(金幣+2): 2011-10-25 15:18:00
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樓主，這樣吧，給你推薦一個(gè)好的高斯入門教程，順便你自己在論壇用搜索功能，搜索點(diǎn)教材�。�！OK？？ http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=3716640&fpage=1 |
2樓2011-10-25 10:47:22
zhou2009
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【答案】應(yīng)助回帖
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gmy1990(金幣+2): 2011-10-25 15:18:20
molly0711(金幣+2): 2011-10-27 15:25:08
gmy1990(金幣+2): 2011-10-25 15:18:20
molly0711(金幣+2): 2011-10-27 15:25:08
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我沒有作過這方面的工作，但從高斯運(yùn)用的想當(dāng)然看： 色譜既是利用待分離的各種物質(zhì)在固定相、流動相中的分配系數(shù)、吸附能力等親和能力的不同來進(jìn)行分離的。 那么就可以設(shè)計(jì)固定相、流動相的模擬，分別計(jì)算它們與待分離物質(zhì)的分子之間的相互作用、吸附力。 這種相互作用、吸附力可以從吸附能的大小來形成序列，看與液相色譜分離的序列是否一致。再看相互作用所引起的電子密度差。尋找它們與液相色譜分離的相關(guān)性，從而用計(jì)算深層次研究離子液體的構(gòu)效關(guān)系。 由于要考慮分子間的相互作用，要考慮電子相關(guān)，起碼要用b97d，基組也要大一些。所算的物質(zhì)則開始盡量小一些。 |
3樓2011-10-25 15:12:45
4樓2011-10-25 16:34:54
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