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個人總結(jié)有關(guān)MS的各種問題（第一季）
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目錄 一 如何構(gòu)建水體系，有機(jī)溶劑體系 2 問題1：MS的Amorphous cell使用出問題 2 問題2：怎么在MS中建立一個64水的盒子 4 問題3：MS中如何選擇體系中的水分子 5 問題4：MS中的castep模塊金屬表面水分子模型的建立 5 問題5：模擬水溶液中有機(jī)物或有機(jī)離子在金屬表面的吸附問題 6 二：結(jié)構(gòu)優(yōu)化 6 問題1：MS中forcite模塊與discover模塊中的結(jié)構(gòu)優(yōu)化有什么區(qū)別？ 6 問題2：在MS中用哪個模塊進(jìn)行優(yōu)化結(jié)構(gòu) 6 問題3：用分子模擬吸附劑的吸附過程 7 問題4：MS中切面幾何優(yōu)化和原子之間的配位 8 問題5：如何在Dmol3模塊中實現(xiàn)定向優(yōu)化 9 問題6：MS 能量最小化出錯 9 二：力場選擇 10 三：吸附模擬 10 問題1：MS中sorption模塊的MC計算 10 問題2：主族金屬氧化物切面做吸附小分子要不要考慮自旋極化? 12 問題3：晶體表面吸附的選擇性方向弛豫 13 四：模塊使用 13 問題1：CASTEP 輸出有幾點看不懂 13 問題2：那位高手能夠介紹一下MS中CASTEP的勢能模型的適用范圍？（分子模擬論壇） 14 問題3：CASTEP能算pdos的自旋情況嗎 15 問題4：在用CASTEP計算材料空位缺陷時，如何才能實現(xiàn)只取一個空位 15 問題5：在CASTEP計算中，k point設(shè)置不同，對計算結(jié)果有什么影響？ 15 問題6：CASTEP中幾何優(yōu)化問題 16 問題7：MS castep的幾個empty band問題 16 問題8：如何在CASTEP中實現(xiàn)電荷密度圖示 20 問題9：能帶計算（系列） 20 問題10：Dmol3計算動力學(xué)無法收斂 22 問題11：如何在Discover計算中分別對相同環(huán)境原子分配不同力場類型 23 問題12：如何在CASTEP計算中限制某個原子的移動方向 23 問題13：如何使用DMol3進(jìn)行動力學(xué)計算？ 28 問題14：如何在Dmol3中考慮溶劑化效應(yīng) 30 五：軟件安裝 31 問題1：安裝步驟（windows 版） 31 問題2：license 問題 32 問題3：gataway 問題 32 六：綜合 34 問題1：建模 34 問題2：價態(tài) 38 問題3：停電處理 39 問題4：求電導(dǎo) 40 問題5：切平面時如何切出矩形平面 40 問題6：如何使用XRD數(shù)據(jù)快速建立相關(guān)的晶體結(jié)構(gòu) 40 |
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