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pengzhang1銀蟲 (小有名氣)
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[求助]
金屬配合物結(jié)構(gòu)問題
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| 我想對(duì)自己合成出來的一個(gè)晶體進(jìn)行結(jié)構(gòu)優(yōu)化，由于本人不是做計(jì)算的，想請(qǐng)教各位大俠。gaussionview里畫的結(jié)構(gòu)可以是我解單晶解出來的結(jié)構(gòu)吧？還是查閱文獻(xiàn)找出對(duì)應(yīng)過渡金屬的配位模式再自己預(yù)測(cè)一個(gè)新的配位結(jié)構(gòu)？對(duì)于晶體聚合物，應(yīng)該算的是二聚體吧，還是金屬配位模式就可以了？ |
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雨晨田木
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2樓2011-11-02 10:02:52
雨晨田木
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3樓2011-11-02 10:13:52
pengzhang1
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4樓2011-11-02 20:04:16
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【答案】應(yīng)助回帖
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pengzhang1(金幣+7): 2011-11-03 16:38:23
小紅豆(金幣+3): 應(yīng)助獎(jiǎng)勵(lì) 2011-11-07 13:55:45
pengzhang1(金幣+7): 2011-11-03 16:38:23
小紅豆(金幣+3): 應(yīng)助獎(jiǎng)勵(lì) 2011-11-07 13:55:45
| 我是說聚合物不會(huì)有單晶，你說的單晶是不是單體的單晶？如果真是聚合物的話，就像我第一個(gè)回復(fù)說的，算到五六聚體，其實(shí)五六百個(gè)原子也不算太多，現(xiàn)在計(jì)算速度很快的，最多一個(gè)星期就能算好了，反正如果能算就算到六聚體。具體算的時(shí)候可以先用小基組（比如3-21g），得到優(yōu)化結(jié)構(gòu)后再用大基組（比如6-31g），這樣相對(duì)快一點(diǎn)。 |
5樓2011-11-03 10:09:19
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6樓2011-11-03 10:54:02
pengzhang1
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7樓2011-11-03 16:45:00
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【答案】應(yīng)助回帖
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pengzhang1(金幣+8): 2011-11-04 10:13:12
小紅豆(金幣+3): 應(yīng)助獎(jiǎng)勵(lì) 2011-11-07 13:55:58
pengzhang1(金幣+8): 2011-11-04 10:13:12
小紅豆(金幣+3): 應(yīng)助獎(jiǎng)勵(lì) 2011-11-07 13:55:58
| 就像我前面說的聚合物最多算到六聚體，如果算不出來的話，就算到五聚體或四聚體，總之能算幾個(gè)算幾個(gè)。至于具體計(jì)算方法，可以先用半經(jīng)驗(yàn)方法AM1優(yōu)化，然后用DFT方法，非金屬原子用3-21g（d），金屬原子用ECP贗勢(shì)基組，贗勢(shì)基組可以選SDD或Lanl2DZ，如果是稀土的話，就只能用SDD。最后用之前的優(yōu)化結(jié)構(gòu)，仍用DFT方法，把基組加大到6-31g（d）（非金屬原子）再優(yōu)化一次。最后如果計(jì)算機(jī)允許的話，可以用更高的三收縮基基組來做單點(diǎn)能計(jì)算，不過這一步對(duì)不是專門做計(jì)算的文章來說，不是必需的。 |
8樓2011-11-04 10:08:54
pengzhang1
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9樓2011-11-04 10:17:55
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小紅豆(金幣+5): 應(yīng)助獎(jiǎng)勵(lì) 2011-11-07 13:56:12
小紅豆(金幣+5): 應(yīng)助獎(jiǎng)勵(lì) 2011-11-07 13:56:12
| 是的，可以算一下不同多重度時(shí)的總能量，取能量最低的那一種多重度，最好再算一下6，5，6。Co Ni Cu 都是過渡金屬第一行的元素，其實(shí)是可以不用贗勢(shì)基組的，只要對(duì)所有原子都用6-311g（d，p）基組就行了。具體你可以看一下這篇文獻(xiàn)：DFT-B3LYP, NPA-, and QTAIM-Based Study of the Physical Properties of [M(II)(H2O)2(15-crown-5)] (M = Mn, Fe, Co, Ni, Cu, Zn) Complexes （dx.doi.org/10.1021/jp2001157）。還要注意一個(gè)BSSE的問題，不然審稿人可能會(huì)提意見，也可以參考那篇文獻(xiàn)。 |
10樓2011-11-07 10:42:55
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