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memgr

銅蟲 (正式寫手)

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[求助] 用MS建立八面體

請教一下各位大蝦有知道怎么用MS建立八面體金屬團(tuán)簇嗎，如金團(tuán)簇，是八面體的，謝謝大家

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1樓 2011-11-03 21:54:14

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caijj09

木蟲 (職業(yè)作家)

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【答案】應(yīng)助回帖

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memgr(金幣+10): 2011-11-04 10:50:08
ghcacj(金幣+10, 模擬EPI+1): 謝謝 2011-11-04 22:09:01

給你一種建立晶體團(tuán)簇的方法吧：

步驟如下：
第一種情況: 從程序自帶的各種晶體及有機(jī)模型中導(dǎo)入體系的晶胞
1．打開MS，由file —> import —> structures —>metals —>pure-metals —>Fe導(dǎo)入Fe的晶胞。

2．由build —>Surfaces —>cleave Surfaces打開對話框.

在對話框中輸入要建立的晶面（hkl），選擇position，其中depth控制晶面層數(shù)。

3．進(jìn)入build>Supercell，輸入a 、b 、c的值，得到想要的超晶胞。

4．到該步驟，我們已經(jīng)建立了一個周期性的超晶胞。如果要做周期性計算，則應(yīng)選擇build—>Crystals —>build vaccum slab，其中真空層通常選擇10埃以上。如果建立團(tuán)簇模型則選擇build —>Symmetry —>Non-periodic Structure，去掉模型的周期性，并跟據(jù)自己的實際需要刪除部分原子，得到想要的團(tuán)簇模型。

5．在表面插入分子時通過菜單欄上的幾個小圖標(biāo)添加即可。

第二種情況: 手動建模，優(yōu)點是可控制晶格常數(shù)。
6．首先從文獻(xiàn)中查到晶體的晶格常數(shù)的實驗值。

7．打開build —>Crystals —> build crystals，可見到對話框。

   在對話框中選擇空間群與點群，然后在Lattice Parameter中設(shè)置晶胞基矢的長度及夾角。

8．然后打開build —>Add atom，從對話框中輸入坐標(biāo)。這里只需輸入幾個有代表性的原子的坐標(biāo)，不必全部輸入。在坐標(biāo)輸入前首先在option頁面中選擇coordinate system，或者分?jǐn)?shù)坐標(biāo)或者卡迪爾坐標(biāo)。

9．以下步驟重復(fù)2-5步。

10．需要注意的是，采取什么樣的團(tuán)簇并不是任意的。原因是很多模型構(gòu)造出來后在優(yōu)化過程中往往不收斂。要避免這個問題的辦法是查閱文獻(xiàn)，參考文獻(xiàn)上模型進(jìn)行選取，因為它們的模型通常是經(jīng)過試驗證實收斂的。

幾點說明

1．與高斯相比，dmol3能夠計算的體系更大。如果要研究表面的吸附，而模擬表面的團(tuán)簇模型又比較大，建議采用dmol3。如果計算的是局部化學(xué)反應(yīng)，而體系也不是很大，則可以使用高斯。

2．關(guān)于是否考慮周期性條件的問題

研究金屬表面時，團(tuán)簇計算方法在前些年由于計算量小曾經(jīng)被廣泛的應(yīng)用過，直到現(xiàn)在也被很多人在使用著，主要被用來計算吸附和多個分子的共吸附等，即不考慮化學(xué)鍵的斷裂。近年來由于國際上計算能力的提升，人們開始考慮周期性條件，這點從JPCA，JPCB，PRL，PRB，JACS等雜志上刊出的文章里也可以看出，但是計算量要大很多。

需要注意的是，由于團(tuán)簇計算方法沒有考慮周期性，即在k空間里只計算了Γ點，采用該方法計算表面的化學(xué)鍵的斷裂（即表面擴(kuò)散問題等）時有可能受到質(zhì)疑。

3．在研究表面時，通常把團(tuán)簇固定，只優(yōu)化吸附在表面的分子，這一點可以通過菜單欄上的Modify>Constraint實現(xiàn)。首先選定團(tuán)簇中需要固定的原子，然后在下面的對話框中打勾。同時也可以在Measurement里固定部分鍵長和鍵角。

4. 關(guān)于計算參數(shù)設(shè)置

主要有幾個參數(shù)需要注意
1  對于Electronic頁面，需要注意的是Core treatment,對于過渡金屬原子通常需要考慮相對論效應(yīng)，因此一般不使用All Electron方法。其他幾種方法任選。

Basis set應(yīng)為DNP，Setup下的Quality一般選fine。為了提高計算速度，一個較好的辦法是先用粗糙的Basis set和Quality進(jìn)行優(yōu)化，然后再提高精度。

2  還有一個非常重要的選項是Electronic —>More —>SCF里的Use smearing。這個關(guān)鍵字有助于加快收斂，但是設(shè)的多大往往會產(chǎn)生錯誤的結(jié)果，它也相當(dāng)于允許的誤差范圍。具體設(shè)置辦法可參考help。

其他的關(guān)鍵字可酌情設(shè)置。

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回復(fù)此樓

自強(qiáng)不息

2樓2011-11-04 08:37:39

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