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MedeA如何多節(jié)點并行計算
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最近在用Molecule Dynamics模擬材料的相變過程，一個結構有60個原子，每個任務3000個離子步， 實驗室的機器一共10個節(jié)點，每個8個CPU， 現(xiàn)在已經(jīng)提交的任務，都是用單節(jié)點算的，太費時間了，3個任務算了一周都沒算完。想求助于用MedeA的同學，如何多節(jié)點并行計算？ 我試著將TaskServer/ServerAdmin里面的Parallel Machines改為：Bnode1:0 Bnode3:8 Bnode4:8，提交任務后發(fā)現(xiàn)還是在3號節(jié)點的8個CPU上計算， 想請教一下，是不是還有別的地方要修改？ 非常感謝！ |
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babaleo
木蟲 (正式寫手)
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2樓2011-11-06 09:01:09
3樓2011-11-07 11:40:01
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【答案】應助回帖
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juchen(金幣+10): Number of paraller CPU's和N processors都忘改了！十分感謝！ 2011-11-08 10:41:38
fzx2008(金幣+2): 謝謝指導 2011-11-08 16:21:53
juchen(金幣+10): Number of paraller CPU's和N processors都忘改了！十分感謝！ 2011-11-08 10:41:38
fzx2008(金幣+2): 謝謝指導 2011-11-08 16:21:53
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Task 目錄里面應該有以下文件: Listing of Directory /Tasks/task00504/ Pattern Sort by Modify Date or Name or Size Up to parent directory CHG 0 bytes Nov 5, 2011 09:50:20 PM CHGCAR 0 bytes Nov 5, 2011 09:50:20 PM CONTCAR 9092 bytes Nov 7, 2011 08:18:48 PM DOSCAR 167 bytes Nov 5, 2011 09:50:21 PM EIGENVAL 187 bytes Nov 5, 2011 09:50:21 PM IBZKPT 1857 bytes Nov 5, 2011 09:50:21 PM INCAR 690 bytes Nov 5, 2011 09:50:19 PM KPOINTS 55 bytes Nov 5, 2011 09:50:19 PM mdlicense.txt 41 bytes Nov 5, 2011 09:50:19 PM mpi 419 bytes Nov 5, 2011 09:50:19 PM OSZICAR 24282 bytes Nov 7, 2011 08:55:58 PM OUTCAR 7134928 bytes Nov 7, 2011 08:58:19 PM PCDAT 234 bytes Nov 5, 2011 09:50:21 PM POSCAR 3502 bytes Nov 5, 2011 09:50:19 PM POTCAR 434306 bytes Nov 5, 2011 09:50:19 PM script 2768 bytes Nov 5, 2011 09:50:19 PM state.dat 168 bytes Nov 5, 2011 09:50:19 PM VASP.out 28543 bytes Nov 7, 2011 08:55:58 PM vasprun.xml 468718 bytes Nov 7, 2011 08:58:19 PM WAVECAR 0 bytes Nov 5, 2011 09:50:20 PM XDATCAR 94465 bytes Nov 7, 2011 08:18:48 PM 打開名為"mpi"的文件,應該有以下內容: #!/bin/bash cd /(用戶)/MD/2.0/TaskServer/Tasks/task00504 export PATH="/(用戶)/MD/Linux-x86_64/IntelMPI/bin:$PATH" export LD_LIBRARY_PATH="/(用戶)/MD/Linux-x86_64/IntelMPI/lib:/(用戶)/MD/2.0/TaskServer/Tools/vasp4.6.36/Linux-x86_64:/home/bli/MD/Linux-x86_64/IntelMKL/lib:$LD_LIBRARY_PATH" /(用戶)/MD/Linux-x86_64/IntelMPI/bin/mpirun -n 8 /(用戶)/MD/2.0/TaskServer/Tools/vasp4.6.36/Linux-x86_64/vasp_parallel 因為MEDEA 用自己的庫文件和并行軟件, 如果集群已經(jīng)建好的話 (NFS 或mpich/mpi.hosts, 確信每個節(jié)點都可以SSH不需密碼, 等等),應該能行. 你把"Number of Parallel CPU's" 設置成你的CPU總數(shù)了嗎?, 運行時選擇CPU數(shù)多于一個節(jié)點時,其他節(jié)點不啟動嗎? |
4樓2011-11-08 10:27:14
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5樓2012-05-18 08:14:31
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