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專業(yè): 計算化學(xué)

[交流] 2011年中國科學(xué)院超級計算中心分子模擬軟件講習(xí)班通知

為普及和推廣高性能計算化學(xué)軟件使用、培養(yǎng)高性能計算化學(xué)專業(yè)人才，中國科學(xué)院計算機網(wǎng)絡(luò)信息中心將于2011年11月28～30日在北京舉辦2011年中國科學(xué)院超級計算中心分子模擬軟件CHARMM和GROMACS講習(xí)班。
CHARMM是一個被廣泛承認(rèn)并應(yīng)用的分子動力學(xué)模擬程序，用于生物大分子的模擬，包括能量最小化，分子動力學(xué)和蒙特卡羅模擬等。程序采用由哈佛大學(xué)的Martin Karplus教授建立的CHARMM力場，可以為用戶提供處理各種小分子、大分子（包括蛋白質(zhì)、核酸和糖）的經(jīng)驗化能量計算，包括：相互作用能及構(gòu)象能量、局域最小化、旋轉(zhuǎn)勢壘、與時間相關(guān)的動力學(xué)行為、振動頻率等。模擬過程提供了有關(guān)分子結(jié)構(gòu)、相互作用、能量等信息。CHARMM包含具有專家特點的標(biāo)準(zhǔn)最小化和分子動力學(xué)方法，包括正則模式計算、相關(guān)性分析、量子力學(xué)與分子力學(xué)相結(jié)合的方法等。
GROMACS是用于研究生物分子體系的分子動力學(xué)程序包。它可以用分子動力學(xué)、隨機動力學(xué)或者路徑積分方法模擬溶液或晶體中的任意分子，進行分子能量的最小化，分析構(gòu)象等。它的模擬程序包包含GROMACS力場(蛋白質(zhì)、核苷酸、糖等)，研究的范圍可以包括玻璃和液晶、到聚合物、晶體和生物分子溶液。GROMACS是一個功能強大的分子動力學(xué)的模擬軟件，其在模擬大量分子系統(tǒng)的牛頓運動方面具有極大的優(yōu)勢。
本次培訓(xùn)將面向CHARMM和GROMACS軟件使用、本著“理論指導(dǎo)實踐、學(xué)以致用、加強交流”目的，利用中國科學(xué)院超級計算中心高性能計算機系統(tǒng)“深騰7000”所提供的一流高性能計算軟硬件環(huán)境，為廣大學(xué)員帶來高性能計算化學(xué)的深度體驗。我們特邀中國科學(xué)院大連化學(xué)物理研究所生物計算專家李國輝研究員和清華大學(xué)材料計算專家李啟楷教授擔(dān)任主講教師，同時兼顧計算化學(xué)、計算生物和材料計算前沿研究的熱點科學(xué)問題。在培訓(xùn)期間，我們將為廣大學(xué)員提供上機實踐的機會。

培訓(xùn)對象：
深騰7000用戶，從事計算化學(xué)、計算生物和計算材料研究的科研院所和高校教師、研究生、科研工作人員及相關(guān)企業(yè)工程師。

培訓(xùn)時間：
2011年11月28～30日，報名截止時間：2011年11月22日，名額有限，報名從速。

培訓(xùn)地點：
中國科學(xué)院計算機網(wǎng)絡(luò)信息中心5層514會議室
詳細(xì)地址：北京市海淀區(qū)中關(guān)村南四街四號中國科學(xué)院軟件園區(qū)2號樓

培訓(xùn)費用：包括教材費、培訓(xùn)費、上機費、午餐費
科學(xué)院所屬單位：￥600元/人；
教育科研：￥800元/人；
企業(yè)：￥1200元/人。

報名方式：
按照報名回執(zhí)表的要求填寫各項內(nèi)容，然后發(fā)郵件到liuqian@sccas.cn ，我們將在一個工作日之內(nèi)給予回復(fù)。聯(lián)系人：劉倩博士，聯(lián)系電話：010-58812143。

付款信息：
電匯（推薦）：截止日期2011年11月22日（含）。憑匯款單在簽到時領(lǐng)取發(fā)票（發(fā)票項目：超算化學(xué)培訓(xùn)費），請在回執(zhí)中填寫正確的發(fā)票單位名稱及超算計算化學(xué)培訓(xùn)。
收款單位全稱：中國科學(xué)院計算機網(wǎng)絡(luò)信息中心
開戶行名稱：中國工商銀行海淀支行營業(yè)部
賬號：0200049609200016431
現(xiàn)場付款：簽到當(dāng)天可以直接用現(xiàn)金或支票付款，并開具發(fā)票

擬定培訓(xùn)內(nèi)容（詳見課程安排，如有變更，請以實際培訓(xùn)為準(zhǔn)）：
中國科學(xué)院超級計算環(huán)境及GridMol
分子模擬理論
CHARMM、GROMACS軟件理論知識和軟件使用方法
上機實踐
SCE網(wǎng)格使用環(huán)境介紹
中國科學(xué)院超級計算環(huán)境使用介紹
CHARMM、GROMACS軟件安裝編譯
軟件應(yīng)用實例

市內(nèi)乘車路線：
1、機場乘車線路：乘坐民航班車（首都機場—中關(guān)村）終點（即四環(huán)保福寺橋）下車，換乘641或619到海淀交通支隊站下車；
2、北京西客站乘車線路：乘坐319到海淀交通支隊站下車；
3、北京站乘車線路：乘坐地鐵２號線到西直門站，換乘城鐵13號線到知春路站下車。
附近公交站：海淀交通支隊、知春里東站，具體公交路線請查詢：http://www.bjbus.com/index.htm

[ Last edited by verallqq on 2011-11-7 at 15:54 ]

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1樓 2011-11-07 15:53:26

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