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zhongyunxia新蟲 (小有名氣)
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[求助]
mdp文件中compressibility怎么算�。。�
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| 各位大俠，我現(xiàn)在是用gromacs計(jì)算連苯三酚的密度。我查到4度時(shí)連苯三酚的密度，現(xiàn)在想設(shè)置4度時(shí)的compressibility，但這個(gè)compressiblity怎么算，相關(guān)的文獻(xiàn)手冊(cè)上跟恩查不到，還請(qǐng)各位大俠出手相助，我實(shí)在是感激不盡啊，謝謝了哈�。�！ |
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萊維
新蟲 (初入文壇)
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- 專業(yè): 理論和計(jì)算化學(xué)
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★
ghcacj(金幣+4): 謝謝 2011-11-12 09:23:46
jiaoyixiong(金幣+5): 多謝指導(dǎo) 2011-11-28 21:09:12
cenwanglai(金幣-5): 扣掉重復(fù)獎(jiǎng)勵(lì)，抱歉~ 2011-11-28 23:38:39
ghcacj(金幣+4): 謝謝 2011-11-12 09:23:46
jiaoyixiong(金幣+5): 多謝指導(dǎo) 2011-11-28 21:09:12
cenwanglai(金幣-5): 扣掉重復(fù)獎(jiǎng)勵(lì)，抱歉~ 2011-11-28 23:38:39
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GROMACS中不是這樣計(jì)算壓縮比率的，一般是用水的壓縮比率作為參考，298K下水的壓縮比率是4.5e-5 ;Pressure coupling Pcoupl = Parrinello-Rahman Pcoupltype = semiisotropic tau_p = 0.5 0.5 compressibility = 0 4.5e-5 ref_p = 1.0 1.0 一般是這么寫的，分別是耦合方法、耦合方向、時(shí)間常數(shù)、參考?jí)嚎s系數(shù)、參考?jí)毫?br /> 這里只在Z方向進(jìn)行壓力耦合，所以XY方向的參考?jí)嚎s比就寫成0 |
2樓2011-11-11 21:12:30
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