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菜鳥求助amber中計算勢能和總能量的腳本
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wangyan10
鐵桿木蟲 (正式寫手)
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【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★
御劍江湖(金幣+4): 謝謝 2011-11-11 08:43:45
御劍江湖(金幣+4): 謝謝 2011-11-11 08:43:45
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利用軌跡文件來計算勢能和總能量，首先需要一個名為process_mdout.perl的腳本。這個腳本可以在amber網(wǎng)站上下載到。具體的鏈接是http://ambermd.org/tutorials/bas ... /process_mdout.perl 需要注意的是需要把這個腳本和動力學(xué)的輸出文件放置到同一個文件夾中，之后利用命令perl process_mdout.perl ../*.out ,即可得到所有的能量文件. |
2樓2011-11-10 22:00:17
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