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xiaomeichen金蟲 (小有名氣)
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[求助]
分享gromac的基本步驟，有木有好心人告知MC模擬 用towhee基本步驟
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偶然看到這個(gè)，以下是進(jìn)行分子動(dòng)力學(xué)模擬的最基本步驟，來自Gromacs維基。具體的步驟可能會因?yàn)槟M目標(biāo)的不同而存在差異，這里只做基本的概述。 1. 十分清楚要什么樣的模擬系統(tǒng)性質(zhì)和現(xiàn)象，明白模擬的目標(biāo)。 2. 選擇適當(dāng)?shù)墓ぞ咭詫?shí)現(xiàn)模擬目標(biāo)。這需要熟知其他研究人員對相似模擬系統(tǒng)的模擬方法等資料，要好好讀別人的論文，主要包括： -模擬使用的軟件，當(dāng)然還要考慮使用的力場，有時(shí)因?yàn)榱鲫P(guān)系，需要更改使用的軟件。 -力場描述了系統(tǒng)中原子的性質(zhì)和相互作用，選擇一個(gè)適合自己研究目標(biāo)的力場至關(guān)重要，還是需要多看論文。根據(jù)sensenbobo血淚史和別人的經(jīng)驗(yàn)，模擬核酸的話，可以采用amber力場，水分子可以使用TIP3P；模擬蛋白質(zhì)的話，可以采用OPLS-AA，水分子使用TIP4P（重申一下，我本人沒有跑過測試）。 3. 獲取模擬分子的坐標(biāo)文件（PDB），或者自己生成一個(gè)。自己生成很好啊，強(qiáng)烈鼓勵(lì)，但是要十分明白有一定的危險(xiǎn)性，要明白每一步模擬系統(tǒng)的現(xiàn)象是為什么。 4. 根據(jù)模擬軟件，生成模擬系統(tǒng)初步坐標(biāo)文件。 5. 獲取或者生成系統(tǒng)的拓?fù)湮募热鏕romacs的pdb2gmx命令，或者使用網(wǎng)絡(luò)服務(wù)器PRODRG（google一下這幾個(gè)字母），amber的leap命令和antechamber，NAMD的psfgen或者VMD。請參考相關(guān)手冊。 6. 給模擬系統(tǒng)添加一個(gè)盒子（盒子的翻譯方法我十分不喜歡，箱子顯得太大，邊界顯得太難理解，但是盒子聽起來想到蛋糕，我們是嚴(yán)肅的科學(xué)家。娃哈哈。）在盒子中添加水分子，添加離子如NA和CL之類（添油加醋，生活就是這樣進(jìn)行的）。添加任何東西到你的系統(tǒng)中，就要相應(yīng)的修改一下拓?fù)湮募�，以保持與系統(tǒng)對應(yīng)，不然會出錯(cuò)哦。 7. 進(jìn)行能量最優(yōu)話。這樣做是消去系統(tǒng)中原子之間距離太近造成的高能量。必要的時(shí)候，分子可以現(xiàn)在真空中能量最優(yōu)話，然后再做溶劑環(huán)境中能量最優(yōu)話。 8. 選擇恰當(dāng)?shù)哪M參數(shù)模擬平衡模擬系統(tǒng)。需要慎重考慮力場的作用，必要的時(shí)候保持系統(tǒng)體積溫度不變（NVT系綜）進(jìn)行位置限制性平衡系統(tǒng)，然后在保持系統(tǒng)溫度壓強(qiáng)不變（NPT系綜）修正系統(tǒng)的密度。然后再選擇正確的系綜（NPT，NVT，NET，BT？？）進(jìn)行數(shù)據(jù)收集。（真煩！） 9. 跑足夠長時(shí)間的模擬，使系統(tǒng)達(dá)到理想的平衡。使用模擬軟件的工具或者其他軟件觀察系統(tǒng)的性質(zhì)，如溫度，能量瞪瞪。 10. 使用適當(dāng)?shù)膮?shù)進(jìn)行數(shù)據(jù)采集模擬，注意模擬銜接過程中各個(gè)系統(tǒng)性質(zhì)保持不變，如果原子速度之類。這里還要考慮力場的作用，同時(shí)要考慮怎么測量描述模擬目標(biāo)。 11. 模擬足夠長的時(shí)間使模擬目標(biāo)明顯出現(xiàn)（可能也出現(xiàn)跟你期望相反的結(jié)果，出現(xiàn)率應(yīng)該百分之五十，加上個(gè)人感情因素，可能會達(dá)到百分之八十。保重�。�。 12. 分析模擬結(jié)果，解釋得到結(jié)果。要好好利用視圖工具，同時(shí)要十分注意漂亮的三維圖說明不了什么問題。圖表，比較，統(tǒng)計(jì)，一個(gè)都不能少。 就這樣吧。  分割線有沒有好心人高人 高尚的厲害的好心人幫我說一說蒙特卡洛模擬 MC模擬 最好是用towhee軟件模擬的基本步驟，參照上面的那樣，我覺得他說的很清楚 謝謝謝謝~~~ |
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