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量化新手

新蟲 (正式寫手)

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專業(yè): 化學(xué)計量學(xué)與化學(xué)信息學(xué)

引用回帖:

9樓: Originally posted by theallz at 2011-11-23 08:53:22:
Correlation：
因為對論壇功能使用不熟悉，上貼中內(nèi)容：

修改為

mpicommand=/apps/mpi/hpmpi/bin/mpirun -e MPI_REMSH=/usr/bin/ssh Sample Text -prot -f APPFILE

應(yīng)該為：

修改為

mpicommand= ...

呵呵，真的好感謝你啊，這個問題已經(jīng)糾結(jié)我一周多了，今天按照你得方式進行修改命令終于可以了，那么我再有一個問題，在服務(wù)器控制臺上stop job掉得工作，能不能再接著提交上去進行計算啊，如果可以操作方式是什么啊？

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11樓2011-11-23 09:48:40

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專業(yè): 化學(xué)計量學(xué)與化學(xué)信息學(xué)

引用回帖:

我的并行是應(yīng)該可以了，但是總的CPU使用率很低啊，顯示為0.0%,只有并行那幾個顯示100%，我的服務(wù)器是一個cpu，cpu是4個核，詳細見一下：

-bash-3.2$ cat /proc/cpuinfo
processor    : 0
vendor_id    : GenuineIntel
cpu family    : 6
model          : 23
model name    : Intel(R) Core(TM)2 Quad CPU Q9550  @ 2.83GHz
stepping       : 10
cpu MHz       : 2833.018
cache size    : 6144 KB
physical id    : 0
siblings       : 4
core id       : 0
cpu cores    : 4
fpu          : yes
fpu_exception : yes
cpuid level    : 13
wp             : yes
flags          : fpu vme de pse tsc msr pae mce cx8 apic sep mtrr pge mca cmov pat pse36 clflush dts acpi mmx fxsr sse sse2 ss ht tm syscall nx lm constant_tsc pni monitor ds_cpl vmx smx est tm2 cx16 xtpr lahf_lm
bogomips       : 5669.61
clflush size : 64
cache_alignment : 64
address sizes : 36 bits physical, 48 bits virtual
power management:

processor    : 1
vendor_id    : GenuineIntel
cpu family    : 6
model          : 23
model name    : Intel(R) Core(TM)2 Quad CPU Q9550  @ 2.83GHz
stepping       : 10
cpu MHz       : 2833.018
cache size    : 6144 KB
physical id    : 0
siblings       : 4
core id       : 1
cpu cores    : 4
fpu          : yes
fpu_exception : yes
cpuid level    : 13
wp             : yes
flags          : fpu vme de pse tsc msr pae mce cx8 apic sep mtrr pge mca cmov pat pse36 clflush dts acpi mmx fxsr sse sse2 ss ht tm syscall nx lm constant_tsc pni monitor ds_cpl vmx smx est tm2 cx16 xtpr lahf_lm
bogomips       : 5666.01
clflush size : 64
cache_alignment : 64
address sizes : 36 bits physical, 48 bits virtual
power management:

processor    : 2
vendor_id    : GenuineIntel
cpu family    : 6
model          : 23
model name    : Intel(R) Core(TM)2 Quad CPU Q9550  @ 2.83GHz
stepping       : 10
cpu MHz       : 2833.018
cache size    : 6144 KB
physical id    : 0
siblings       : 4
core id       : 2
cpu cores    : 4
fpu          : yes
fpu_exception : yes
cpuid level    : 13
wp             : yes
flags          : fpu vme de pse tsc msr pae mce cx8 apic sep mtrr pge mca cmov pat pse36 clflush dts acpi mmx fxsr sse sse2 ss ht tm syscall nx lm constant_tsc pni monitor ds_cpl vmx smx est tm2 cx16 xtpr lahf_lm
bogomips       : 5665.97
clflush size : 64
cache_alignment : 64
address sizes : 36 bits physical, 48 bits virtual
power management:

processor    : 3
vendor_id    : GenuineIntel
cpu family    : 6
model          : 23
model name    : Intel(R) Core(TM)2 Quad CPU Q9550  @ 2.83GHz
stepping       : 10
cpu MHz       : 2833.018
cache size    : 6144 KB
physical id    : 0
siblings       : 4
core id       : 3
cpu cores    : 4
fpu          : yes
fpu_exception : yes
cpuid level    : 13
wp             : yes
flags          : fpu vme de pse tsc msr pae mce cx8 apic sep mtrr pge mca cmov pat pse36 clflush dts acpi mmx fxsr sse sse2 ss ht tm syscall nx lm constant_tsc pni monitor ds_cpl vmx smx est tm2 cx16 xtpr lahf_lm
bogomips       : 5666.05
clflush size : 64
cache_alignment : 64
address sizes : 36 bits physical, 48 bits virtual
power management:

計算的時候top后這樣顯示：

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12樓2011-11-23 10:41:27

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theallz

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引用回帖:

12樓: Originally posted by 量化新手 at 2011-11-23 10:41:27:
我的并行是應(yīng)該可以了，但是總的CPU使用率很低啊，顯示為0.0%,只有并行那幾個顯示100%，我的服務(wù)器是一個cpu，cpu是4個核，詳細見一下：

-bash-3.2$ cat /proc/cpuinfo
processor : 0
vendor_id ...

現(xiàn)在是非常正常的CPU使用情況啊。

top命令查看的CPU使用，nice有100%。

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13樓2011-11-25 14:47:27

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theallz

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引用回帖:

關(guān)于top的使用，請參考：

http://www.hudong.com/wiki/linux+top

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14樓2011-11-25 14:48:36

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引用回帖:

13樓: Originally posted by theallz at 2011-11-25 14:47:27:
現(xiàn)在是非常正常的CPU使用情況啊。

top命令查看的CPU使用，nice有100%。

真的呀，謝謝謝謝啊，哈哈哈，那照這個進度，我的東西要算很久很久咯？

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15樓2011-11-25 16:20:02

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引用回帖:

14樓: Originally posted by theallz at 2011-11-25 14:48:36:
關(guān)于top的使用，請參考：

http://www.hudong.com/wiki/linux+top

灰常感謝

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16樓2011-11-25 16:24:09

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引用回帖:

14樓: Originally posted by theallz at 2011-11-25 14:48:36:
關(guān)于top的使用，請參考：

http://www.hudong.com/wiki/linux+top

你好，方便把你得qq號留給我嗎？謝謝

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17樓2011-11-25 16:50:51

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引用回帖:

你好，我又有問題了，同樣的文件在我自己win的電腦上（一個2G的cpu）計算的時候11個小時就出來了，不過選擇并行的時候，也選擇的4，因為有4個虛擬的核。但在服務(wù)器上并行，4個cpu，每個cpu2個G，都2天多了還沒算完，是不是程序（linux下）或軟件有問題哦，

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18樓2011-12-02 15:28:17

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引用回帖:

18樓: Originally posted by 量化新手 at 2011-12-02 15:28:17:
你好，我又有問題了，同樣的文件在我自己win的電腦上（一個2G的cpu）計算的時候11個小時就出來了，不過選擇并行的時候，也選擇的4，因為有4個虛擬的核。但在服務(wù)器上并行，4個cpu，每個cpu2個G，都2天多了還沒算 ...

Intel的超線程技術(shù)對于計算沒啥意義。建議關(guān)閉。

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19樓2011-12-02 15:55:34

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引用回帖:

7樓: Originally posted by theallz at 2011-12-02 15:55:34:
Intel的超線程技術(shù)對于計算沒啥意義。建議關(guān)閉。

但是不關(guān)的話會影響計算速度嗎？

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20樓2011-12-02 16:31:36

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