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hoowenhao

鐵蟲 (小有名氣)

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專業(yè): 污染控制化學(xué)

[求助] 高斯計(jì)算mulinkin電荷

Sample Text背景介紹：小弟是做分子動(dòng)力學(xué)模擬的，對(duì)于量化軟件所知甚少，在模擬過程編寫FIELD文件過程中需要一些有機(jī)物如苯酚，CV等物質(zhì)的mulinkin電荷數(shù)據(jù)，從而需要用到量化計(jì)算。
Sample Text1 先進(jìn)chemoffice軟件畫出結(jié)構(gòu)圖，將2D3D，在3D將分子優(yōu)化(優(yōu)化步驟：按住CTRL+A選中分子，點(diǎn)擊Structure-clean up,然后選擇CalculationsMM2---Minimize Energy-Run就OK.)保存到F盤文件名要改為英文格式
         保存類型  Protein Date Bank (*.pdb)

2點(diǎn)擊Gaussview-File-open選擇要打開的文件
         文件類型: Brookhaven PDB File(*.pdb*.ent)
         Open as:  Auto
3保存save ，文件名后綴刪除（pdb）----YES
Gaussian input files (*.gjf*.com)
4 回F盤--Gaussia點(diǎn)擊GJF文件（1將文件里后面的數(shù)字刪除;2文件前面的基組改為%chk=xxx.chk  (xxx為前面chemoffice里面系統(tǒng)默認(rèn)的文件名，此行一般不需要改。)
%mem=60MW
%nproc=1
# b3lyp/6-311+g(d,p) opt freq
5  點(diǎn)擊Gaussia File-open-F---gif(文件)-“運(yùn)行”就可以了
6 運(yùn)行計(jì)算完畢后，回F盤點(diǎn)擊OUT文件，按鼠標(biāo)右鍵選擇打開方式“記事本”打開
就可以看到輸出結(jié)構(gòu)
7在輸出結(jié)構(gòu)里面找優(yōu)化以后的數(shù)值即可
  在文件里輸入單詞“stationary”就可以找到優(yōu)化完的地方。上面顯示“Optimization completed.”
下面就是想要的數(shù)值
Alpha  occ. eigenvalues --  最后一個(gè)數(shù)值就是最高占有軌道能
Alpha virt. eigenvalues - 里面第一個(gè)數(shù)值就是最低未占有軌道能
Mulliken atomic charges:----就是原子電荷
Dipole moment-----偶極矩
Frequencies—這個(gè)單詞的一個(gè)數(shù)值是正數(shù)就說明沒虛頻。分子結(jié)構(gòu)穩(wěn)定

這個(gè)是從以前畢業(yè)了的師姐（師姐也是從別人那得到的）那兒得到的一個(gè)計(jì)算過程，但是這兩天在做的時(shí)候老是會(huì)運(yùn)行終止，但是師姐說以前這樣算是沒有問題的。求蟲友幫助指導(dǎo)！

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少壯不努力，長(zhǎng)大水處理。

1樓 2011-11-25 16:26:58

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阿泰斯特

新蟲 (小有名氣)

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【答案】應(yīng)助回帖

hoowenhao(金幣+1): 2011-11-30 16:27:47

你要看看最后幾行到底是什么樣的

贊一下

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2樓2011-11-25 22:05:21