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關(guān)于AUTODOCK學(xué)習(xí)后的一些疑惑求解。
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關(guān)于AUTODOCK學(xué)習(xí)后的一些疑惑求解。 在進(jìn)行對(duì)界前，需要對(duì)配體進(jìn)行去水，加氫，加電荷�，F(xiàn)在已經(jīng)知道了AUTODOCK已經(jīng)考慮了溶劑效應(yīng)。那去水，去的是什么水？ 會(huì)不會(huì)是分子上的水，然后在去水之后把極性氫也給去了，所以才有之后的加氫加電荷？ 如果是這樣的話，一開(kāi)始又為什么要去水呢？ |
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thunderay
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【答案】應(yīng)助回帖
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chaizhm(金幣+1): 謝謝 2011-11-30 20:39:05
可米kemi(金幣+10): 哦，那難道配體就不需要進(jìn)行去水，加氫，加電荷？而受體以上操作的原因就是我猜地那樣？還有我想請(qǐng)教以下如何設(shè)置格子大小比較好？雖說(shuō)設(shè)置得越小計(jì)算得越精確，可是如果設(shè)置的過(guò)小，配體轉(zhuǎn)動(dòng)的范圍越小那么會(huì)引起誤差。因此該如何判斷呢？謝謝。 2011-12-01 22:20:16
chaizhm(金幣+1): 謝謝 2011-11-30 20:39:05
可米kemi(金幣+10): 哦，那難道配體就不需要進(jìn)行去水，加氫，加電荷？而受體以上操作的原因就是我猜地那樣？還有我想請(qǐng)教以下如何設(shè)置格子大小比較好？雖說(shuō)設(shè)置得越小計(jì)算得越精確，可是如果設(shè)置的過(guò)小，配體轉(zhuǎn)動(dòng)的范圍越小那么會(huì)引起誤差。因此該如何判斷呢？謝謝。 2011-12-01 22:20:16
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去水、加氫、加電荷是針對(duì)受體的 去的是蛋白的結(jié)晶水 |
2樓2011-11-30 19:28:20
thunderay
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3樓2011-12-02 08:44:34
4樓2011-12-02 13:19:21
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
chaizhm: 金幣-20 2012-04-03 18:43:10
chaizhm: 編輯內(nèi)容 2012-04-03 18:43
chaizhm: 金幣-20 2012-04-03 18:43:10
chaizhm: 編輯內(nèi)容 2012-04-03 18:43
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1 [ Last edited by chaizhm on 2012-4-3 at 18:43 ] |
5樓2012-04-03 07:56:58
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