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Illusionist銀蟲 (正式寫手)
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該物質(zhì)是對(duì)稱結(jié)構(gòu)，計(jì)算結(jié)果卻是HOMO在左，LUMO在右。
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安裝g09說明書，計(jì)算熒光光譜的方法算了一遍。 又有直接使用 # opt freq td=(nstates=6,root=1) b3lyp/6-31+g(d,p) scrf=(solvent=n,n-dimethylformamide) geom=connectivity 然后SP算了一遍。 結(jié)果都是一樣的。 該物質(zhì)是對(duì)稱結(jié)構(gòu)，在DMF溶劑中計(jì)算，結(jié)果卻是HOMO在左，LUMO在右，不再對(duì)稱了。 是溶劑選擇的模型有問題 還是什么？ 新手，求教！ 不勝感激。 （不方便上圖，抱歉） |
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3樓2011-12-04 10:52:20
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Illusionist: 回帖置頂 2011-12-04 14:04:30
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================================= Model : PCM. Atomic radii : UFF (Universal Force Field). Polarization charges : Total charges. Charge compensation : None. Solution method : Matrix inversion. Cavity type : Scaled VdW (van der Waals Surface) (Alpha=1.100). Cavity algorithm : GePol (No added spheres) Default sphere list used, NSphG= 56. Lebedev-Laikov grids with approx. 5.0 points / Ang**2. Smoothing algorithm: Karplus/York (Gamma=1.0000). Polarization charges: spherical gaussians, with point-specific exponents (IZeta= 3). Self-potential: point-specific (ISelfS= 7). Self-field : sphere-specific E.n sum rule (ISelfD= 2). 1st derivatives : Analytical E(r).r(x)/FMM algorithm (CHGder, D1EAlg=3). Cavity 1st derivative terms included. Solvent : n,n-DiMethylFormamide, Eps= 37.219000 Eps(inf)= 2.046330 |
4樓2011-12-04 11:53:15
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2樓2011-12-04 09:12:09
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5樓2011-12-04 12:48:07
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6樓2011-12-04 13:51:47
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按照說明書上計(jì)算，到第四步的時(shí)候，沒有使用OPT=RCFC，而直接使用OPT。因?yàn)槭褂肙PT=RCFC無法進(jìn)行。這一步之前，看的HOMO，LUMO 都是對(duì)稱的·。 Step 1: Ground state geometry optimization and frequencies (equilibrium solvation). This is a standard Opt Freq calculation on the ground state including PCM equilibrium solvation. %chk=01-ac # B3LYP/6-31+G(d,p) Opt Freq SCRF=(Solvent=Ethanol) Acetaldehyde ground state 0 1 C C,1,RA X,2,1.,1,A O,2,RB,3,A,1,180.,0 X,1,1.,2,90.,3,0.,0 H,1,R1,2,A1,5,0.,0 H,1,R23,2,A23,5,B23,0 H,1,R23,2,A23,5,-B23,0 H,2,R4,1,A4,3,180.,0 RA=1.53643 RB=1.21718 R1=1.08516 R23=1.08688 R4=1.10433 A=62.1511 A1=110.51212 A23=109.88119 A4=114.26114 B23=120.56468 Step 2: Vertical excitation with linear response solvation. This is a TD-DFT calculation of the vertical excitation, therefore at the ground state equilibrium geometry, with the default solvation: linear response, non-equilibrium. We perform a single-point TD-DFT calculation, which defaults to non-equilibrium solvation. The results of this job will be used to identify which state or states are of interest and their ordering. These results give a reasonable description of the solvation of the excited state, but not quite as good as that from a state-specific solvation calculation. In this case, we see that the n->π* state is the first excited state. Next, we will use the state-specific method to produce a better description of the vertical excitation step. %chk=02-ac # B3LYP/6-31+G(d,p) TD=NStates=6 SCRF=(Solvent=Ethanol) Geom=Check Guess=Read Acetaldehyde: linear response vertical excited states 0 1 Step 3: State-specific solvation of the vertical excitation. This will require two job steps: first the ground state calculation is done, specifying NonEq=write in the PCM input section, in order to store the information about non-equilibrium solvation based on the ground state. Second, the actual state-specific calculation is done, reading in the necessary information for non-equilibrium solvation using NonEq=read. %chk=03-ac # B3LYP/6-31+G(d,p) SCRF=(Solvent=Ethanol,Read) Geom=Check Guess=Read Acetaldehyde: prepare for state-specific non-eq solvation by saving the solvent reaction field from the ground state 0 1 NonEq=write --link1-- %chk=03-ac # B3LYP/6-31+G(d,p) TD(NStates=6,Root=1) SCRF=(Solvent=Ethanol,ExternalIteration,Read) Geom=Check Guess=Read Acetaldehyde: read non-eq solvation from ground state and compute energy of the first excited with the state-specific method 0 1 NonEq=read Step 4: Relaxation of the excited state geometry. Next, we perform a TD-DFT geometry optimization, with equilibrium, linear response solvation, in order to find the minimum energy point on the excited state potential energy surface. Since this is a TD-DFT optimization, the program defaults to equilibrium solvation. As is typical of such cases, the molecule has a plane of symmetry in the ground state but the symmetry is broken in the excited state, so the ground state geometry is perturbed slightly to break symmetry at the start of the optimization. %chk=04-ac # B3LYP/6-31+G(d,p) TD=(Read,NStates=6,Root=1) SCRF=(Solvent=Ethanol) Geom=Modify Guess=Read Opt=RCFC Acetaldehyde: excited state opt Modify geometry to break Cs symmetry since first excited state is A" 0 1 4 1 2 3 10.0 5 1 2 7 -50.0 |
7樓2011-12-04 14:09:30
sjsznh
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Illusionist(金幣+5): 本來是左右對(duì)稱的結(jié)構(gòu)，但是現(xiàn)在HOMO和LUMO都不對(duì)稱。ＨＯＭＯ只在左邊，ＬＵＭＯ只在右邊。即使是反轉(zhuǎn)的問題，ＨＯＭＯ，ＬＵＭＯ本身也應(yīng)該對(duì)稱才對(duì)啊· 2011-12-04 15:06:33
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既然是對(duì)稱結(jié)構(gòu)，那么在左邊和在右邊應(yīng)該是沒啥分別的吧。 你這種情況是因?yàn)镚aussian 09在有的優(yōu)化過程中會(huì)把整個(gè)分子翻轉(zhuǎn)180度造成的，在最新的C01版本中不再存在這個(gè)問題。具體可以查看C01的Release Notes。 http://www.gaussian.com/g_tech/rel_notes.pdf |
8樓2011-12-04 14:25:56
sjsznh
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9樓2011-12-04 14:31:58
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【答案】應(yīng)助回帖
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Illusionist(金幣+5): 我freq了兩天了，沒出來。如果是結(jié)構(gòu)沒有優(yōu)化好，那該怎么做，在優(yōu)化一遍，會(huì)不會(huì)又是這結(jié)構(gòu)�！ぁぁ� 2011-12-04 15:54:31
ben_ladeng(金幣+2): 專家考核存檔 2011-12-04 16:45:31
Illusionist(金幣+5): 我freq了兩天了，沒出來。如果是結(jié)構(gòu)沒有優(yōu)化好，那該怎么做，在優(yōu)化一遍，會(huì)不會(huì)又是這結(jié)構(gòu)�！ぁぁ� 2011-12-04 15:54:31
ben_ladeng(金幣+2): 專家考核存檔 2011-12-04 16:45:31
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應(yīng)該不是ls說的那么回事。 覺得激發(fā)態(tài)的幾何或是波函數(shù)沒有優(yōu)化好，激發(fā)態(tài)和基態(tài)點(diǎn)群是否應(yīng)該一致。 看需不需要做一下激發(fā)態(tài)的freq以及相應(yīng)幾何的stable測試。 |
10樓2011-12-04 15:28:51
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