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jiejing銀蟲(chóng) (初入文壇)
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[交流]
[求助]Phase2.1 已有1人參與
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求助原因： 學(xué)習(xí)需要 軟件名稱： Phase2.1 版本號(hào)： 2.1 軟件公司或主頁(yè)： http://www.stat.washington.edu/stephens/home.html 軟件功能說(shuō)明： Phase 是一個(gè)以人口數(shù)據(jù)為基礎(chǔ)構(gòu)建單倍型頻率的軟件 官方網(wǎng)站網(wǎng)頁(yè)： http://www.stat.washington.edu/stephens/home.html 求助者email： chenjiezs@163.com |
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cheungsober
木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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- 專業(yè): 生物化學(xué)
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小木蟲(chóng)(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖交流
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http://www.stat.washington.edu/stephens/phase/download.html 下載即可， PHAS采用Bayesian統(tǒng)計(jì)方法，利用群體的基因型數(shù)據(jù)來(lái)構(gòu)建單倍型。軟件可以處理SNP、微衛(wèi)星及其他多等位形式的位點(diǎn) (如三態(tài)的SNP和HLA等位基因)。 較之先前的版本，它提供了：重組熱點(diǎn)模型，并且重組率計(jì)算的偏差小 2． 運(yùn)行條件 虛擬dos環(huán)境下運(yùn)行，基本命令：./PHASE test.inp test.out 3． 默認(rèn)的輸入文件格式： 個(gè)體數(shù)目（正整數(shù)） 位點(diǎn)數(shù)目（正整數(shù)） P 位點(diǎn)(1) 位點(diǎn)(2) ``````位點(diǎn)(n) ）（位點(diǎn)的位置，默認(rèn)單位為bp，正整數(shù)） 位點(diǎn)基因型(1) 位點(diǎn)基因型(2) ... 位點(diǎn)基因型(n)（以M或S，分別代表二態(tài)或三態(tài)的等位形式） ID(1) 基因型(1)(二態(tài)位點(diǎn)可以堿基或數(shù)字表示，數(shù)據(jù)缺失以？代替；多態(tài)位點(diǎn)必須以正整數(shù)表示，缺失以-1代替) ID(2) 基因型(2) . . . ID(n) 基因型(n) 4． 輸出文件 1) Freqs：給出單倍型頻率及標(biāo)準(zhǔn)偏差 2) Pairs：給出每個(gè)個(gè)體最可能的單倍型及P值 3) Recom：給出一定模式下整個(gè)區(qū)域重組參數(shù)的估計(jì) 4) Hotspot：給出使用熱點(diǎn)選項(xiàng)條件下的重組參數(shù)的估計(jì) 5) Signif：給出病例-對(duì)照空值假設(shè)的置換檢驗(yàn)的P值 6) Monitor：估計(jì)某一模型下單倍型統(tǒng)計(jì)的適用性 7) Hbg：空文件，忽略 5． 模型的選擇 1) 第一種是最初的模型（original model），即非重組模型。由Stephens et al. (2001), and Stephens and Donnelly (2003)提出， 它忽略重組的存在。 第二種是新的模型，明確地允許重組，即重組模型（recombination model）。 它們都需要在-M選項(xiàng)下運(yùn)行：-MS或-MR。 此外還有混合模型（hybrid model），先用較快的初始模型進(jìn)行初步的運(yùn)算，再在用重組模型進(jìn)行最終運(yùn)算，運(yùn)行的選項(xiàng)為-MQ。這種方法在構(gòu)建單倍型上基本與-MR一樣準(zhǔn)確，運(yùn)行起來(lái)卻更快。其他的條件的比較表明：-MR選項(xiàng)的性能通常更好，因此被作為默認(rèn)值。 2) 如果不使用-M選項(xiàng)，程序?qū)⑿碌闹亟M模型作為運(yùn)行的默認(rèn)選項(xiàng)。這樣使計(jì)算更為精確些，但是運(yùn)算量也加大了。 3) 如果數(shù)據(jù)信息相對(duì)較少（小于20個(gè)個(gè)體，10個(gè)位點(diǎn)），采用-MR法能得到更可靠的LD的估計(jì)。 |
2樓2011-03-25 15:43:53
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