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[求助]
菌種鑒定樹(shù)
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求助各位大蝦 本人做真菌菌種鑒定，測(cè)完18srDNA后在NCBI上比對(duì)得到的大多數(shù)是一個(gè)菌屬的一個(gè)種，還有兩三個(gè)另一個(gè)屬的。之后用Clustal進(jìn)行相同序列比對(duì)，可NCBI上相似的序列在這個(gè)軟件上對(duì)不到一起了，沒(méi)轍我就把NCBI上相似的序列放到一起對(duì)到一起了。之后作圖，無(wú)論選擇何種模式都只能得到無(wú)根樹(shù)，且上面顯示的數(shù)字很小，得不到正規(guī)的帶距離尺的樹(shù)，怎么回事呢？ 還有一個(gè)鑒定完后都是一個(gè)屬的一個(gè)種，得到樹(shù)后數(shù)值也是很小，為什么？ |
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2樓2011-12-18 12:42:20
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【答案】應(yīng)助回帖
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
mayo(金幣+5): 謝謝啊。一個(gè)我也是選的同屬不同種的，另一個(gè)我加了幾個(gè)不同屬的，不知道建樹(shù)的準(zhǔn)則是什么，要怎樣做才算正規(guī)。。。 2011-12-19 16:33:23
mayo(金幣+5): 謝謝啊。一個(gè)我也是選的同屬不同種的，另一個(gè)我加了幾個(gè)不同屬的，不知道建樹(shù)的準(zhǔn)則是什么，要怎樣做才算正規(guī)。。。 2011-12-19 16:33:23
| 數(shù)值小因?yàn)檫M(jìn)化關(guān)系太近因此很難確定位置，所以變化會(huì)比較大，你應(yīng)該選擇同屬不同種的來(lái)做進(jìn)化樹(shù)，而距離最近的多選幾個(gè)一起做。關(guān)于字體什么的估計(jì)設(shè)置有問(wèn)題，用mega也行，不過(guò)據(jù)說(shuō)不用雜志，不用的研究要求的軟件不一樣 |
3樓2011-12-18 16:07:32
tzaixmc
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4樓2011-12-19 19:06:42
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5樓2011-12-20 17:06:06
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