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pleasant1789木蟲 (初入文壇)
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G09中計算AIM計算過渡金屬原子和氫原子間作用的問題
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以前從沒進(jìn)行過AIM計算，這次投的文章里審稿人提出用AIM計算一下，應(yīng)該是想用AIM計算證實過渡金屬原子和氫原子間存在相互作用。 從小木蟲上現(xiàn)有的與AIM計算相關(guān)的文章里看，http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=1767755 這個帖子里給出了在Gaussian中計算AIM的方法，用AIM=all關(guān)鍵字實現(xiàn)，然而我計算的時候出錯，出錯信息為“ Error termination in NtrErr: NtrErr Called from FileIO.” 換用較低的基組，則可以進(jìn)行到輸出“ I. ATTRACTORS”的部分，然后“FATAL ERROR: DUPLICATE CRITICAL POINTS FOUND: 50 41 ”609錯誤結(jié)束 計算的體系是IMes配位的Ni與另外一個分子之間的配位，重原子數(shù)34。對Ni原子使用了lanl2dz的ECP。 搜解決原因的時候看到各種說法 1. 計算軟件不合適？有人提到Gaussian的AIM有問題，故應(yīng)該用專業(yè)的AIM軟件計算，然而免費(fèi)的AIMPac需要編譯（這個太復(fù)雜，搞不定）；AIMall免費(fèi)的只能算10個以下的原子，AIM2000也是商業(yè)軟件，故都不可行，平時并不用AIM分析所以也不可能因為這個去購買商業(yè)軟件。 2.“芳香環(huán)片段高斯不可以做，會出錯，高斯不可以算環(huán)狀結(jié)構(gòu)，可以使用aimall做 ”出自 http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=1781656 是否為真？如果是如此那就真是沒辦法了，是否有相關(guān)的文獻(xiàn)說明這點(diǎn)呢。 3.也有提出ECP不能解決，但是http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=2511503 提到“所有AIM軟件都能支持ECP計算產(chǎn)生的wfn文件”，而且G09 的B01版本其實是可以產(chǎn)生可用的wfx文件 4.有人提出高斯中計算AIM不可信？ 我的問題總結(jié)來說就是 1. 能否用Gaussian09計算這個34個重原子含過渡金屬Ni，且使用ECP的體系？ 2. 如果不能，是否有可用的免費(fèi)軟件且不太麻煩的可以進(jìn)行計算？ 3.具體如何操作和讀取相關(guān)信息？ 問題非�，嵥楹吐闊奈煌誓軌虿涣呋卮穑浅８兄x！ |
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gmy1990(金幣+3): 2011-12-16 18:52:25
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無論高斯自帶的AIM模塊能不能正常分析某個體系，我都不建議用，這個模塊年久失修，速度、可靠性、穩(wěn)定性都比較低。 如果不需要做盆積分，使用Multiwfn做AIM分析是最佳選擇，操作與AIM2000一樣方便，而速度比AIMALL還要快得多。 對于過渡金屬使用贗勢的情況，對于LANL2這樣小核贗勢，直接用各種AIM軟件去分析價層性質(zhì)都是可以的，例如Journal of Computational Chemistry, Vol. 18, No. 3, 416]429 (1996)文中給出了確切的結(jié)論（SC代表small core）： For transition metals, the electron density obtained from a SC-ECP calculation is good enough to reproduce not only the correct topology of the metal]ligand bonds but the values of the local properties as well 在G09 B01及之后版本中支持wfx格式，會自動將事先擬合好的內(nèi)核密度寫進(jìn)去，使得分析結(jié)果和全電子計算十分一致，見J. Phys. Chem. A 2011, 115, 12879–12894。目前只有Multiwfn和AIMALL支持wfx格式下的拓?fù)浞治�。而至于G09自帶的AIM模塊，我雖然沒試過，但是估計它自己都不支持內(nèi)核密度的處理。 |
2樓2011-12-16 13:40:15
pleasant1789
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pleasant1789(金幣+100): 感謝應(yīng)助 2011-12-18 19:12:04
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用Multiwfn做AIM分析的例子在手冊第四章就有，也可以參考專題帖子 http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=3890042&fpage=1 目前引用Multiwfn時引JCC上的介紹文章的doi號或者引網(wǎng)址都可以，等那文章正式期號出現(xiàn)后就建議直接引文章了。 之前我的回復(fù)用不著評分 |
6樓2011-12-16 18:01:43
beefly
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7樓2011-12-16 21:20:23
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你好啊，我也最近在研究AIM問題，我看了一篇文獻(xiàn)感覺跟您問的問題有點(diǎn)相像，他們也用AIM分析了過渡金屬與氫原子形成的建的電子密度還有拉普拉量希望對你有所幫助。 http://g.zhubajie.com/ |
8樓2012-03-25 12:22:37
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