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fwang2011

金蟲 (小有名氣)

應(yīng)助: 1 (幼兒園)
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帖子: 57
在線: 21.7小時
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注冊: 2011-07-26
性別: GG
專業(yè): 凝聚態(tài)物性 II ：電子結(jié)構(gòu)

[求助] 有熟悉cclib method的嗎

系統(tǒng)信息：
TOTAL NUMBER OF BASIS SET SHELLS          =  937
NUMBER OF CARTESIAN GAUSSIAN BASIS FUNCTIONS = 2343
NUMBER OF ELECTRONS                         = 1008
CHARGE OF MOLECULE                         = 0
SPIN MULTIPLICITY                         = 1
NUMBER OF OCCUPIED ORBITALS (ALPHA)       =  504
NUMBER OF OCCUPIED ORBITALS (BETA )       =  504
TOTAL NUMBER OF ATOMS                      =  340

從Python調(diào)用cclib：
>>> from cclib.parser import GAMESS
>>> from cclib.method import CSPA
>>> s=GAMESS("new_b_00.log"

>>> ps=s.parse()
[GAMESS new_b_00.log INFO] Creating attribute atomcoords[]
[GAMESS new_b_00.log INFO] Creating attribute atomnos[]
[GAMESS new_b_00.log INFO] Creating attribute gbasis[]
[GAMESS new_b_00.log INFO] Creating attribute nbasis: 2343
[GAMESS new_b_00.log INFO] Creating attribute charge: 0
[GAMESS new_b_00.log INFO] Creating attribute mult: 1
[GAMESS new_b_00.log INFO] Creating attribute homos[]
[GAMESS new_b_00.log INFO] Creating attribute natom: 340
[GAMESS new_b_00.log INFO] Creating attribute aooverlaps[]
[GAMESS new_b_00.log INFO] Creating attribute scftargets[]
[GAMESS new_b_00.log INFO] Creating attribute scfvalues[]
[GAMESS new_b_00.log INFO] Creating attribute scfenergies[]
[GAMESS new_b_00.log INFO] Creating attribute moenergies[]
[GAMESS new_b_00.log INFO] Creating attribute mosyms[]
[GAMESS new_b_00.log INFO] Creating attribute nmo: 2343
[GAMESS new_b_00.log INFO] Creating attribute mocoeffs[]
[GAMESS new_b_00.log INFO] Creating attribute atombasis[]
[GAMESS new_b_00.log INFO] Creating attribute aonames[]
[GAMESS new_b_00.log INFO] Creating attribute coreelectrons[]
>>> m=CSPA(ps)
>>>>>> len(m.fragresults[0])
2343
>>> len(m.fragresults[0][0])
204
為何這里的結(jié)果不是340 （natom）呢？

謝謝

有可能幫忙解讀一下這個<http://sourceforge.net/apps/medi ... php?title=C_squared>：
fragresults: a Numeric array[3] with spin, molecular orbital, and atoms as the axes (atomresults[1][23][4] gives the contribution of the 5th atomic/fragment orbital to the 24th beta molecular orbital)
這里的描述似乎比較亂，請達(dá)人解讀一下。

Happy New Year everyone!

[ Last edited by fwang2011 on 2011-12-27 at 17:38 ]

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