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zyx19840227捐助貴賓 (小有名氣)
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[求助]
怎么獲得膜蛋白通道半徑
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用HOLE2或者其他軟件怎么得到膜蛋白通道半徑，我沒做過，哪位大俠做過類似的，能不能詳細(xì)說明下具體怎么做，包括軟件怎么安裝之類的。 我想取模擬軌跡30ns中的后5ns，即25-30ns每隔10ps取一個(gè)構(gòu)象，對(duì)每一個(gè)構(gòu)象計(jì)算通道半徑，然后取平均值。 要求能得到以通道不同位置為橫軸的通道半徑二維圖 |
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lyfxie8607
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【答案】應(yīng)助回帖
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
zyx19840227(金幣+10): ★有幫助 謝謝 2012-01-10 19:26:14
zyx19840227(金幣+10): ★有幫助 謝謝 2012-01-10 19:26:14
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在分子模擬論壇上找到的 在使用HOLE在完成了 1.使用命令： /usr/local/hole2/exe/hole < 01_example.inp > example.out & ，正確的產(chǎn)生了文件 2. 使用命令： /usr/local/hole2/exe/hole sph_process -dotden 15 -color example.sph example.qpt 產(chǎn)生了example.qpt 文件 3. 使用命令： /usr/local/hole2/exe/hole sph_process -sos -dotden 15 -color example.sph example.sos 產(chǎn)生了example.sos 文件 4. qpt_conv 選擇D 生成example.vmd_plot 腳本文件，load分子之后，在tcl console終端輸入：source example.vmd_plot，產(chǎn)生了和壇子里指導(dǎo)上一樣的圖 5. time /usr/local/hole2/exe/sos_triangle -s < example.sos > example.vmd_tri， 產(chǎn)生了example.vmd_tri腳本，在tcl console終端輸入：source example.vmd_tri， 產(chǎn)生了和壇子里指導(dǎo)上一樣的圖 6. 現(xiàn)在為了顯示通道半徑的變化，我用gnuplot作圖，產(chǎn)生的圖形是個(gè)白色的方框，什么都沒有，就連坐標(biāo)都沒有，望大家指點(diǎn)，下面是執(zhí)行g(shù)nuplot的過程： |
2樓2012-01-10 13:02:57
yan.007133
鐵蟲 (小有名氣)
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3樓2014-10-31 09:18:22
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