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zhangguangping木蟲 (著名寫手)
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[交流]
PBS下同一用戶同時使用不同版本的Gaussian的方便做法 已有3人參與
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針對集群上有多種不同版本的Gaussian軟件，同一用戶想同時使用多種版本做計算的做法，前段時間一直沒有解決。當(dāng)時的做法是讓用戶在自己的環(huán)境變量文件中只設(shè)置一種版本，如果想用另外一種版本，那么需要修改一下環(huán)境變量文件，然后重新開啟shell。這種做法無疑比較繁瑣，給用戶帶來了不便。另外的一個辦法就是將不同版本的Gaussian環(huán)境變量寫到不同的文件中去，想用哪個版本，需要重新開啟新shell后，然后執(zhí)行對應(yīng)版本的環(huán)境文件。這個方法相對第一種方案較方便。 上面的環(huán)境設(shè)置，咱們不妨稱為【針對用戶】的。 自從使用PBS作為任務(wù)管理之后，感覺可以將Gaussian的環(huán)境設(shè)置變?yōu)椤踞槍θ蝿?wù)】的，而不是【針對用戶】的。這樣就可以用戶不用對Gaussian設(shè)置環(huán)境變量，而是將環(huán)境變量的設(shè)置放到腳本中，之前也見過有人這么做過。舉例如下： Gaussian98的任務(wù)腳本： ############################ #!/bin/sh #PBS -N Gaussian #PBS -l nodes=1:ppn=4 #PBS -l walltime=200:00:00 #PBS -q GAUSSIAN #PBS -j oe # Envrionment setting for Gaussian98 # export g98root=/usr/local/software PATH=$g98root/g98:$PATH export PATH source $g98root/g98/bsd/g98.profile # # End of envrionment setting for Gaussian98 mkdir -p /tmp/$PBS_JOBID cp -r $PBS_O_WORKDIR/* /tmp/$PBS_JOBID cd /tmp/$PBS_JOBID g98 mdbh-CN_SH.gjf cp -r /tmp/$PBS_JOBID/* $PBS_O_WORKDIR rm -rf /tmp/$PBS_JOBID ############################ Gaussian03的任務(wù)腳本： ############################ #!/bin/sh #PBS -N Gaussian #PBS -l nodes=1:ppn=4 #PBS -l walltime=200:00:00 #PBS -q GAUSSIAN #PBS -j oe #Environment setting for Gaussian03 # export g03root=/usr/local/software PATH=$g03root/g03:$PATH export PATH source $g03root/g03/bsd/g03.profile # # End of environment setting for Gaussian03 mkdir -p /tmp/$PBS_JOBID cp -r $PBS_O_WORKDIR/* /tmp/$PBS_JOBID cd /tmp/$PBS_JOBID g03 mdbh-CN_SH.gjf cp -r /tmp/$PBS_JOBID/* $PBS_O_WORKDIR rm -rf /tmp/$PBS_JOBID ############################ Gaussian09的任務(wù)腳本： ############################ #!/bin/sh #PBS -N Gaussian #PBS -l nodes=1:ppn=4 #PBS -l walltime=200:00:00 #PBS -q GAUSSIAN #PBS -j oe # Envrionment setting for Gaussian09 # export g09root=/usr/local/software PATH=$g09root/g09:$PATH export PATH source $g09root/g09/bsd/g09.profile # # End of envrionment setting for Gaussian09 mkdir -p /tmp/$PBS_JOBID cp -r $PBS_O_WORKDIR/* /tmp/$PBS_JOBID cd /tmp/$PBS_JOBID g09 mdbh-CN_SH.gjf cp -r /tmp/$PBS_JOBID/* $PBS_O_WORKDIR rm -rf /tmp/$PBS_JOBID ############################ 也就是說腳本中包含了對應(yīng)版本的Gaussian的環(huán)境設(shè)置，這個環(huán)境設(shè)置只對該任務(wù)有效。所以用戶登錄之后，可以在一個shell里面可以同時采用不通版本的Gaussian提交任務(wù)。任務(wù)之間互不干擾。 上述也許有經(jīng)驗的管理員熟知的方案，但是對于新手管理原來說應(yīng)該會有幫助。 [ Last edited by zhangguangping on 2012-3-13 at 23:10 ] |
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