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Illusionist銀蟲 (正式寫手)
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[求助]
誠心求教，如何scan。 回復(fù)即散分
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各位老師新年好！ 小弟遇到一些問題： A和B是完全一樣的分子，先假設(shè)A分子所在平面為XY平面，Z軸垂直XY平面，B分子與A分子面面平行。 現(xiàn)在想要完全固定A，并且固定A、B在Z方向的距離，然后讓B在其所在平面沿X和Y兩個方向scan一下。希望得到一個三維圖譜。 [ Last edited by Illusionist on 2012-2-15 at 08:03 ] |
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Illusionist
銀蟲 (正式寫手)
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2樓2012-02-15 16:49:13
kaegi
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【答案】應(yīng)助回帖
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
Illusionist(金幣+40): ★有幫助 謝謝，意思是我要做很多次單點(diǎn)能計算，而不能使用scan命令一次完成·？ 2012-02-17 08:15:09
Illusionist(金幣+40): ★有幫助 謝謝，意思是我要做很多次單點(diǎn)能計算，而不能使用scan命令一次完成·？ 2012-02-17 08:15:09
| 你打開輸入文件，找到你想移動的分子中每一個原子對應(yīng)的笛卡爾坐標(biāo)（xyz）。假設(shè)你想要把這個分子往x方向移動，就把這個分子的x坐標(biāo)那一列分別加上一個值n(比如n=0.02)。這樣每加一次，就相當(dāng)于這個分子往x方向移動了距離n。多次這樣操作之后，你就得到了若干個往x方向移動不同距離的分子結(jié)構(gòu)。對這些結(jié)構(gòu)分別計算其電子能量，你就完成了X方向上的勢能掃描。同樣的方法，你也可以完成向Y方向的掃描。最后你把這些對應(yīng)坐標(biāo)和對應(yīng)能量做到一張圖里面(或許用origin可以完成),就得到了你要的掃描勢能圖。 |
3樓2012-02-16 11:03:52
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