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zhongyunxia

新蟲 (小有名氣)

應(yīng)助: 1 (幼兒園)
金幣: 768.4
散金: 1
帖子: 183
在線: 76.6小時
蟲號: 1338148
注冊: 2011-07-05
專業(yè): 化工熱力學(xué)和基礎(chǔ)數(shù)據(jù)

[求助] CH3(CH2)14COOH的itp問題

各位大蝦，我用progrg畫了個棕櫚酸（十六烷酸）的結(jié)構(gòu)，獲得它的itp,想在96力場中計算它的密度。itp如下所示：
[ moleculetype ]
; Name nrexcl
DRG    3

[ atoms ]
; nr    type  resnr resid  atom  cgnr charge    mass
   1       OM    1  DRG    OAB    1 -0.738  15.9994
   2       C    1  DRG    CAR    1 0.350  12.0110
   3       OM    1  DRG    OAC    1 -0.739  15.9994
   4    CH2    1  DRG    CAQ    1 0.032  14.0270
   5    CH2    1  DRG    CAP    1 0.032  14.0270
   6    CH2    1  DRG    CAO    1 0.032  14.0270
   7    CH2    1  DRG    CAN    1 0.031  14.0270
   8    CH2    1  DRG    CAM    2 0.000  14.0270
   9    CH2    1  DRG    CAL    2 0.000  14.0270
10    CH2    1  DRG    CAK    2 0.001  14.0270
11    CH2    1  DRG    CAJ    2 -0.001  14.0270
12    CH2    1  DRG    CAI    3 0.000  14.0270
13    CH2    1  DRG    CAH    3 0.000  14.0270
14    CH2    1  DRG    CAG    3 0.000  14.0270
15    CH2    1  DRG    CAF    4 0.011  14.0270
16    CH2    1  DRG    CAE    4 0.011  14.0270
17    CH2    1  DRG    CAD    4 0.011  14.0270
18    CH3    1  DRG    CAA    4 -0.033  15.0350
可看出只有16個碳和2個氧，沒有羧基氫。但是體系電荷是為-1，請教各位大蝦，這個羧基氫怎么處理？體系電荷不為零，我嘗試用氫去平衡電荷，可是行不通，請各位高手指點迷津，感激不盡！

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1樓 2012-02-15 10:52:44

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