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minatomirai鐵蟲 (初入文壇)
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[求助]
ONIOM優(yōu)化，l9999后restart報(bào)錯(cuò)
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ONIOM B3LYP/6-31G*優(yōu)化一個(gè)大分子(約7000原子)，兩層，high layer(QM)約有70原子，是一個(gè)較大的體系。坐標(biāo)用的是Z-Matrix。 使用的關(guān)鍵詞如下 # oniom(b3lyp/6-31g(d):amber=hardfirst) nosymm opt=(ts,calcfc,noeigentest,maxcycles=5000) geom=connectivity iop(2/15=3) test 最終以l9999報(bào)錯(cuò)，原因是沒(méi)有收斂。NStep=444（即做了444次），這對(duì)于很多做Gaussian優(yōu)化來(lái)說(shuō)好像步數(shù)已經(jīng)太多了，不過(guò)做那么大體系的ONIOM，用的又是B3LYP，還真沒(méi)底。查看能量，是呈一個(gè)下降的趨勢(shì)，然后判斷收斂的幾個(gè)數(shù)值也是朝著減小的方向走。自己認(rèn)為再加一些循環(huán)次數(shù)就能夠收斂。 然后想restart，我用的Gaussian 09。我直接把上面那行關(guān)鍵詞改成 # oniom(b3lyp/6-31g(d):amber=hardfirst) nosymm opt=restart geom=connectivity iop(2/15=3) test 當(dāng)然，chk文件保持不變。 結(jié)果……就報(bào)錯(cuò)了： All quantities printed in internal units (Hartrees-Bohrs-Radians) MOMM, but no IMMCRS Error termination via Lnk1e in /home/zjw/g09/l103.exe at Wed Feb 15 14:15:56 2012. 然后上網(wǎng)搜索這個(gè)錯(cuò)誤……無(wú)果。也有人提問(wèn)過(guò)，同是做ONIOM的，但就是沒(méi)有人回答。 問(wèn)問(wèn)這里有人碰到過(guò)嗎？有人知道是怎么回事嗎？ 或者，這里有做大分子體系ONIOM的人嗎？ 先感謝。 |
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minatomirai
鐵蟲 (初入文壇)
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2樓2012-02-16 22:46:12
mophyworld
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【答案】應(yīng)助回帖
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minatomirai(金幣+2): ★有幫助 好的，非常感謝這條建議！ 2012-02-19 06:29:34
minatomirai(金幣+2): ★有幫助 好的，非常感謝這條建議！ 2012-02-19 06:29:34
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沒(méi)做過(guò)ONIOM，但是之前做優(yōu)化時(shí)，用restart一開始計(jì)算就出錯(cuò)，在網(wǎng)上搜索過(guò)后，聽說(shuō)是G09的restart任務(wù)需要有.chk和rwf文件才可以進(jìn)行。所以我在之后做優(yōu)化時(shí)都會(huì)把rwf文件保存下來(lái)。但是，后來(lái)做任務(wù)時(shí)，出現(xiàn)優(yōu)化步數(shù)已經(jīng)達(dá)到最大值，使用opt（restart, maxcycle=***）關(guān)鍵字又出現(xiàn)RdWrOT: Data mismatch on MaxStp/MaxJob問(wèn)題，即設(shè)定的maxcycle超過(guò)程序給出的maxcycle最大值的問(wèn)題，后來(lái)的解決方式是提取之前優(yōu)化出現(xiàn)錯(cuò)誤時(shí)最后一次計(jì)算的結(jié)構(gòu)，然后重新開始優(yōu)化計(jì)算而不是使用opt（restart），結(jié)果在繼續(xù)優(yōu)化后不久結(jié)構(gòu)優(yōu)化即完成了。 以上是一點(diǎn)經(jīng)驗(yàn)，希望對(duì)您有所幫助。 |
3樓2012-02-18 10:31:41
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