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木蟲(chóng) (小有名氣)

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[交流] 千兆網(wǎng)vasp跨節(jié)點(diǎn)并行慢的很，正常嗎？

請(qǐng)教大家：

我們最近建立了cluster（Intel Xeon 5650 6核*2 / 48GB內(nèi)存），編譯：Openmpi+intel+mkl，
通訊是千兆網(wǎng)，vasp跨節(jié)點(diǎn)并行慢的很，兩個(gè)節(jié)點(diǎn)比一個(gè)節(jié)點(diǎn)慢幾倍，遠(yuǎn)遠(yuǎn)不如一個(gè)節(jié)點(diǎn)并行的計(jì)算
速度。是不是說(shuō)千兆網(wǎng)vasp就不能很有效地跨節(jié)點(diǎn)并行呢？

非常感謝大家的討論！

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1樓 2012-02-18 10:59:39

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sandycug

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lzllzl(金幣+2):謝謝參與
WDD880227(金幣+1): 感謝交流 2012-02-18 14:37:35

VASP是一個(gè)并行效率很好的程序
如果網(wǎng)絡(luò)允許的話
5650的CPU同時(shí)使用16個(gè)以下應(yīng)該都有非常好的加速比

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3樓2012-02-18 13:46:23

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sandycug

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WDD880227(金幣+1): 感謝分享經(jīng)驗(yàn)~~ 2012-02-18 14:37:05

這個(gè)是很正常的
事實(shí)上，網(wǎng)絡(luò)延遲已經(jīng)成了阻礙HPC發(fā)展的一個(gè)瓶頸
5650的CPU的計(jì)算速度所需要的數(shù)據(jù)交換遠(yuǎn)非千兆網(wǎng)所能滿足的了
至少應(yīng)該上20GB的Infiniband網(wǎng)絡(luò)
當(dāng)然，萬(wàn)兆網(wǎng)也可以考慮

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2樓2012-02-18 13:43:15

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hls85915

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WDD880227(金幣+1): 感謝提示 2012-02-18 14:37:49

很正常的，樓主不用擔(dān)心

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7樓2012-02-18 13:55:13

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引用回帖:

樓: Originally posted by sandycug at 2012-02-18 13:43:15:
這個(gè)是很正常的
事實(shí)上，網(wǎng)絡(luò)延遲已經(jīng)成了阻礙HPC發(fā)展的一個(gè)瓶頸
5650的CPU的計(jì)算速度所需要的數(shù)據(jù)交換遠(yuǎn)非千兆網(wǎng)所能滿足的了
至少應(yīng)該上20GB的Infiniband網(wǎng)絡(luò)
當(dāng)然，萬(wàn)兆網(wǎng)也可以考慮

但是同樣編譯的abinit和pwscf能并到5個(gè)節(jié)點(diǎn)，速度還不錯(cuò)。這能不能說(shuō)是
vasp編譯的問(wèn)題呢？

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9樓2012-02-18 15:07:59

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