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lovedi

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[交流] autodock離子電荷參數(shù)修改問(wèn)題

autodock 時(shí) 對(duì)接的蛋白具有二價(jià)鐵離子，這個(gè)陽(yáng)離子與要對(duì)接的配體有相互作用
但是ADT準(zhǔn)備文件時(shí) 老是提示 Fe離子電荷為0，可能沒(méi)有定義吧
我要不要在蛋白的pdbqt文件將鐵離子的電荷修改為2價(jià)呢？電荷修補(bǔ)修改對(duì)結(jié)果影響大嗎？
電荷修改與否對(duì)結(jié)果影響大嗎？
我自己看的結(jié)果是差別不大。

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1樓 2012-02-24 20:25:06

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wuhaigang

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引用回帖:

3樓: Originally posted by lovedi at 2012-02-26 16:24:36:
文獻(xiàn)里報(bào)道的是二價(jià)的，我是不是可以再PDBQT文件里修改為二價(jià)就可以了

你做好查查有沒(méi)有相關(guān)的文獻(xiàn)有關(guān)計(jì)算中隊(duì)亞鐵離子電荷設(shè)定，如果有，你可以驗(yàn)證一下，在使用，不然別人的數(shù)據(jù)你不一定適合的

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4樓2012-02-26 16:27:55

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wuhaigang

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這個(gè)是需要查找相關(guān)文獻(xiàn)的，你可以看看保存為pdbqt的文件中，大部分電荷都不是整數(shù)的。這個(gè)是需要用實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證的，我用的鋅離子，在改后是用0.95e

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2樓2012-02-25 15:24:45

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樓: Originally posted by wuhaigang at 2012-02-25 15:24:45:
這個(gè)是需要查找相關(guān)文獻(xiàn)的，你可以看看保存為pdbqt的文件中，大部分電荷都不是整數(shù)的。這個(gè)是需要用實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證的，我用的鋅離子，在改后是用0.95e

文獻(xiàn)里報(bào)道的是二價(jià)的，我是不是可以再PDBQT文件里修改為二價(jià)就可以了

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3樓2012-02-26 16:24:36

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therotyonth

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2樓: Originally posted by wuhaigang at 2012-02-25 15:24:45
這個(gè)是需要查找相關(guān)文獻(xiàn)的，你可以看看保存為pdbqt的文件中，大部分電荷都不是整數(shù)的。這個(gè)是需要用實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證的，我用的鋅離子，在改后是用0.95e

你好！我在pdbqt文件中把zinc的電荷改成了0.95，不過(guò)在autogrid這一步的時(shí)候提示沒(méi)有zinc的電荷，不知道這其中有什么要特別注意的嗎？謝謝

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6樓2014-08-24 15:47:26

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簡(jiǎn)單回復(fù)

longytu5樓

2012-04-02 19:07 回復(fù)

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hao [ Last edited by longytu on 2012-4-3 at 08:29 ]

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