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p452_1至尊木蟲(chóng) (知名作家)
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[交流]
交流：晶體結(jié)構(gòu)精修完了，生成完整的晶體結(jié)構(gòu)報(bào)表指南 已有16人參與
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有些同學(xué)和同事，晶體結(jié)構(gòu)解析完成了，卻受困惑于怎樣生成完整的晶體結(jié)構(gòu)報(bào)表。完整的結(jié)構(gòu)參數(shù)表格是主要根據(jù)cif文件生成的，所以要想有完整的晶體結(jié)構(gòu)報(bào)表，之前必須要首先產(chǎn)生盡量完整的cif文件。要想通過(guò)xcif產(chǎn)生完整的結(jié)構(gòu)參數(shù)表格，需要做好以下幾步： 1、最好在單晶收衍射數(shù)據(jù)設(shè)置時(shí)候，就把晶體的形狀、顏色、大小尺寸和測(cè)試溫度輸入進(jìn)去，這樣產(chǎn)生的p4p文件里會(huì)自動(dòng)記錄下這些有用的信息，在解析晶體結(jié)構(gòu)時(shí)候，生成的pcf文件里就會(huì)存有這些信息。另外，這些信息的錄入對(duì)正確地吸收校正原始衍射數(shù)據(jù)有好處。 2、首先需要在ins文件中加入幾行關(guān)于結(jié)構(gòu)參數(shù)的指令如下： acta (生成cif文件) bond $H（所有鍵長(zhǎng)鍵角，包括H的） conf（關(guān)于扭轉(zhuǎn)角的） htab (關(guān)于氫鍵的) SIZE (晶體的大小尺寸) TEMP (測(cè)試溫度) 等等，如果需要更多的結(jié)構(gòu)參數(shù)列表，還需要加入相關(guān)的命令，保存。 3、使用這個(gè)ins文件進(jìn)行精修，注意精修的最大偏差歸零，產(chǎn)生新的cif文件。 4、編輯pcf文件。首先檢查對(duì)稱性和空間群是否正確，然后檢查晶體的形狀、顏色和大小尺寸，還有測(cè)試溫度，以及試驗(yàn)的密度，如果不對(duì)或者為零的，需要填寫(xiě)。一般試驗(yàn)的密度那一行填寫(xiě)‘？’表示你沒(méi)有測(cè)試密度，吸收校正那一行，可以填寫(xiě)‘multi-scan’，你可以根據(jù)自己做的吸收校正類型進(jìn)行填寫(xiě)。 5、pcf文件主要用來(lái)在Xcif中改寫(xiě)cif文件，補(bǔ)充cif文件中必須要填寫(xiě)的信息。這個(gè)操作是Xcif中的 'C' 選項(xiàng)，需要先做，基本上follow電腦上出現(xiàn)的選項(xiàng)即可。 6、下面作結(jié)構(gòu)參數(shù)表格，是Xcif中的 'T' 選項(xiàng)，需要使用cif文件和數(shù)據(jù)文件（與cif文件名字相同）。 7、需要根據(jù)要求，首先給出結(jié)構(gòu)表格的名稱。注意擴(kuò)展名可以選擇rtf或者tex，然后一步，對(duì)應(yīng)于rtf文件，需要選擇rta格式；如果是tex格式，就要選擇ang或者def格式。然后根據(jù)自己的需要，在各種結(jié)構(gòu)表格選項(xiàng)后選擇Yes或者No，生成結(jié)構(gòu)參數(shù)表格，最后選擇退出Xcif即可。 8、結(jié)構(gòu)參數(shù)表格的rtf文件容易出錯(cuò)，比如氫鍵列表，如果在ins文件中，雖然給出了htab命令，但是沒(méi)有給出具體的每個(gè)氫鍵根據(jù)對(duì)稱操作的列表，那么在cif文件中就不會(huì)有對(duì)應(yīng)的具體氫鍵列出來(lái)。這樣在結(jié)構(gòu)表格選項(xiàng)的最后一項(xiàng)是氫鍵列表，選擇No可以，如果選擇Yes就會(huì)出錯(cuò)，導(dǎo)致生成的結(jié)構(gòu)參數(shù)表格打不開(kāi)，所以一定要避免。 以上列出的幾點(diǎn)操作和注意事項(xiàng)屬于個(gè)人經(jīng)驗(yàn)，歡迎專家和愛(ài)好者多來(lái)交流，批評(píng)指正。 [ Last edited by p452_1 on 2012-2-27 at 02:30 ] |
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