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[交流] 用SwissModel預(yù)測(cè)只能得到蛋白質(zhì)的一大部分的三維結(jié)構(gòu)，why？

我今天用SwissModel預(yù)測(cè)某蛋白結(jié)構(gòu)，該蛋白共270個(gè)氨基酸殘基，但只能得到Modelled residue range: 2 to 212 的氨基酸的三維結(jié)構(gòu)，為啥。。。是因?yàn)檎也坏酵磘emplate嗎？

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1樓 2012-02-27 15:09:40

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樓: Originally posted by doublehelix at 2012-02-28 10:45:57:
DS是指什么？是DeepView -Swiss-PdbViewe吧r？?jī)烧哌€是SWISS-MODEL準(zhǔn)吧

你好，似乎你對(duì)pdb viewer比較有研究。我今天在用它進(jìn)行可視化，我知道如何著色，可是怎么一直顯示的是化學(xué)骨架，而找不到怎么顯示new cartoon之類的條帶模型呢？很困惑，因?yàn)槠渌浖己芎酶愣ǖ模@個(gè)軟件死活找不到。教程上這一部分都省略，不知是自己沒(méi)好好看，還是教程上沒(méi)有的緣故。希望得到解答，謝謝！

[ Last edited by sk8er8irl on 2012-2-29 at 15:46 ]

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10樓2012-02-29 15:45:07

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樓: Originally posted by doublehelix at 2012-02-29 16:41:00:
在display - render in 3D(顏色先設(shè)好），這時(shí)顯示的是帶有化學(xué)骨架的cartoon條帶，隨后在control pannel面板中將所有氨基酸“V”去除（拖選即可），僅保留ribn項(xiàng)。即可達(dá)到你所需效果。

謝謝，確實(shí)是這樣。
不知你有沒(méi)有用PDB Viewer做過(guò)突變分析？我現(xiàn)在想用這個(gè)軟件做某基因一些致病性位點(diǎn)突變的分析，分析突變前后三維結(jié)構(gòu)的改變，是否可行？e.g. 我將183位點(diǎn)的Glu突變?yōu)長(zhǎng)ys，顯示出的Cartoon結(jié)構(gòu)感覺(jué)前后沒(méi)有差異。。。
謝謝繼續(xù)予以指導(dǎo)！

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12樓2012-02-29 17:09:07

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大神出現(xiàn)吧！

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2樓2012-02-27 15:39:35

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SwissModel預(yù)測(cè)蛋白結(jié)構(gòu)只能根據(jù)模板來(lái)建模的，如果模板比你要預(yù)測(cè)的蛋白序列更短，多余部分是不能建模的。

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3樓2012-02-27 18:51:55

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用DS中的預(yù)測(cè)模塊試試吧，SWISS-MODEL不準(zhǔn)的

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4樓2012-02-27 20:02:21

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Echosc

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并建議一下，建模比對(duì)完了之后，要看精細(xì)結(jié)構(gòu)建議用軟件BallViewer，別用RasMol

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5樓2012-02-27 20:07:52

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6樓2012-02-28 10:20:14

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4樓: Originally posted by imyting at 2012-02-27 20:02:21:
用DS中的預(yù)測(cè)模塊試試吧，SWISS-MODEL不準(zhǔn)的

DS是指什么？是DeepView -Swiss-PdbViewe吧r？?jī)烧哌€是SWISS-MODEL準(zhǔn)吧

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7樓2012-02-28 10:45:57

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7樓: Originally posted by doublehelix at 2012-02-28 10:45:57:
DS是指什么？是DeepView -Swiss-PdbViewe吧r？?jī)烧哌€是SWISS-MODEL準(zhǔn)吧

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8樓2012-02-28 15:06:05

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有可能其它的氨基酸是不形成結(jié)構(gòu)的，你再單獨(dú)拿其它的氨基酸建一下模試試，要是還是沒(méi)有三級(jí)結(jié)構(gòu)，那多半是這部分沒(méi)有規(guī)則的結(jié)構(gòu)

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9樓2012-02-29 12:38:43

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10樓: Originally posted by sk8er8irl at 2012-02-29 15:45:07:
你好，似乎你對(duì)pdb viewer比較有研究。我今天在用它進(jìn)行可視化，我知道如何著色，可是怎么一直顯示的是化學(xué)骨架，而找不到怎么顯示new cartoon之類的條帶模型呢？很困惑，因?yàn)槠渌浖己芎酶愣ǖ模@個(gè)軟 ...

在display - render in 3D(顏色先設(shè)好），這時(shí)顯示的是帶有化學(xué)骨架的cartoon條帶，隨后在control pannel面板中將所有氨基酸“V”去除（拖選即可），僅保留ribn項(xiàng)。即可達(dá)到你所需效果。

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11樓2012-02-29 16:41:00

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11樓: Originally posted by doublehelix at 2012-02-29 16:41:00:
在display - render in 3D(顏色先設(shè)好），這時(shí)顯示的是帶有化學(xué)骨架的cartoon條帶，隨后在control pannel面板中將所有氨基酸“V”去除（拖選即可），僅保留ribn項(xiàng)。即可達(dá)到你所需效果。

完全可行，突變后，通過(guò)homology modeling建模,再在該軟件中分析即可，挺方便的。

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13樓2012-03-01 16:20:16

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樓: Originally posted by doublehelix at 2012-03-01 16:20:16:
完全可行，突變后，通過(guò)homology modeling建模,再在該軟件中分析即可，挺方便的。

謝謝，可惜做不出什么三維結(jié)構(gòu)的差異來(lái)。。

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14樓2012-03-01 16:36:00

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小木蟲(chóng): 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖

http://swissmodel.expasy.org/可以用這個(gè)網(wǎng)頁(yè)在線預(yù)測(cè)

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15樓2012-03-27 20:16:41

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