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amo11000金蟲 (小有名氣)
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[求助]
編寫一個程序處理文本內(nèi)容，刪除長度<10，開頭的，不以CTG結尾的那些序列
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我有一個文本文件1.txt，內(nèi)容如下：>序列名字1（序列名字可以任意長度）ATGgcggggccccATAGGGGGGTTCCUTG>序列名字2ATGgcggggccccAgTAGGGGGGTTCCUTG>序列名字3CTGgggggggccccccgggggutg。。。。。。后面還有很多序列 要求刪除那些長度<10，不以ATG開頭的，不以CTG結尾的那些序列。名字不包括在序列的長度內(nèi)，最后得到的文件內(nèi)容應該是： >序列名字1（序列名字可以任意長度）ATGgcggggccccATAGGGGGGTTCCUTG>序列名字2ATGgcggggccccAgTAGGGGGGTTCCUTG。。。。。。后面還有很多序列。 由于序列3的開頭字符不是ATG，而是CTG，所以被刪除掉了。 誰能幫忙編寫一個vb程序處理上面的問題啊？謝謝了 |
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【答案】應助回帖
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用perl腳本吧，很方便，我寫了一個大概，要根據(jù)自己的序列格式更改一下（也可能有一些小錯誤），你的格式應該是fasta格式的測序序列，>文件名應該是單獨一行。 #!/usr/bin/perl use strict; use warnings; open (INFILE,"<1.txt"  ;open (OUTFILE,">>out.txt" ;while (my $line=<> { my $num=length($line); if (($num>9)&&(~m/^ATG/)&&(CTG$)) { print OUTFILE $line; } if (~m/^>/) { print OUTFILE $line; #這個地方要加一個怎樣判斷序列名稱和你輸出序列 的對應的語句。不然每個文件名都會輸出，時間有限，我就這樣簡寫了，抱歉了…… } } close INFILE; close OUTFILE; |
8樓2012-03-08 20:08:59
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