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glgno1新蟲 (初入文壇)
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[求助]
如何判斷一段CDNA是否是完整的
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| 各位前輩好，我最近擴(kuò)了一段基因序列的全長，想請教下大家如何判斷該基因是否已經(jīng)擴(kuò)完整了，老師說開放閱讀框必須是連續(xù)的，但是最近研究發(fā)現(xiàn)其也有開放閱讀框是斷斷續(xù)續(xù)的，但是其它物種該基因是完整的。 |
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2樓2012-03-04 10:48:04
quiller2000
木蟲 (著名寫手)
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3樓2012-03-04 13:58:35
juchi_123
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
小丹木木(金幣+1): 鼓勵應(yīng)助 2012-03-05 11:09:57
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小丹木木(金幣+1): 鼓勵應(yīng)助 2012-03-05 11:09:57
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1、首先要根據(jù)你了解的，預(yù)測下基因的長度，達(dá)到你預(yù)期的長度，可以用軟件輔助判斷。 2、把基因測序的結(jié)果放到NCBI中的OFRfinder軟件中，如果結(jié)果中出現(xiàn)連續(xù)的、最長的一段區(qū)域，應(yīng)該是一個完整的編碼區(qū)。 3、單擊軟件中的氨基酸相關(guān)分析，可以再次與編碼相關(guān)基因的氨基酸序列進(jìn)行比對，進(jìn)一步確定。 |
5樓2012-03-05 10:52:35
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