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p452_1至尊木蟲 (知名作家)
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[交流]
交流：對于網(wǎng)友咨詢的絕對構(gòu)型和Friedel對的回答 已有1人參與
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1、Friedel pairs是什么？ 定義：The couple of reflections h, k, l and -h, -k, -l is called a Friedel pair, or Bijvoet pair。反射點h, k, l和它的倒置位置（inversion of the origin）的反射點-h, -k, -l 就定義叫做一個Friedel pair。對于中心對稱的晶體結(jié)構(gòu)，F(xiàn)riedel pair是完全等效的，所以在測試和結(jié)構(gòu)解析時候，都選擇合并（merge）Friedel pair，不予考慮。但是對于非中心對稱的晶體結(jié)構(gòu)，F(xiàn)riedel pair就不是完全等效的，至少在衍射強度上存在差異。這時候就不可以再選擇合并（merge）Friedel pair。尤其是手性結(jié)構(gòu)，不合并（not merge）Friedel pair有助于確定比較小的flack parameter。 2、反常散射測絕對構(gòu)型就是用Friedel pairs的數(shù)值嗎？[/color] 看網(wǎng)上介紹的好像是這樣的。具體做法是： Friedel pairs 數(shù)目的確定 在.ins中加merg 3,精修后在CIF中的total reflection number 如 _reflns_number_total 2627 再把merg 3換成MERG 2,精修后在CIF中的total reflection number 如 _reflns_number_total 3762 兩者相減, 得到的就是Friedel pairs 的數(shù)目. 當你利用反常散射確定絕對構(gòu)型時, 在CIF中要加 _refine_ls_abs_structure_details 'Flack (1983), XXXX Friedel pairs' 這里的XXXX 用 3762-2627 = 1035來代替. 另外, 在CIF中填加 _chemical_absolute_configuration ad 以表明絕對構(gòu)型是用反常散射確定的. 參考英文: [An easy way to determine the number of Friedel pairs is to look at the difference between the number of unique reflections used in SHELXL when a MERG2 and MERG 3 instruction is used (MERG 3 forces Friedel pairs to be merged before use).] 3、用Mo靶并且沒有重原子的晶體測出的數(shù)據(jù)里面有沒有Friedel pairs？ 應(yīng)該有Friedel pairs，但是數(shù)目比較少，主要是因為衍射比較弱和分辨率不夠好。建議對于純有機化合物使用Cu靶比較好。我一般在測晶體數(shù)據(jù)時候，如果覺得可能是手性的，在選擇衍射數(shù)據(jù)收集方法時候就選擇not merge Friedel pairs. 在結(jié)構(gòu)解析時候，即作XPREP時候，一旦推導(dǎo)出是手性空間群或者非中心對稱空間群，下面就要選擇not merge Friedel pairs。這樣解析，應(yīng)該對晶體絕對構(gòu)型的確定有幫助。 [ Last edited by p452_1 on 2012-3-10 at 01:51 ] |
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2樓2012-03-10 12:08:48
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