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[求助]
關于GMX中帶基底以及溶劑轉換問題
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本人想嘗試在GMX中運行帶基底以及蛋白的體系，而且為快速平衡蛋白行為，因此選用隱式溶劑作為快速平衡條件。這里我們暫稱隱式溶劑體系為體系一，顯式為體系二。 但動力學平衡之后又須加入顯示溶劑使結果更為可靠，因此需要在體系一平衡之后再灌入水分子。此時又需要最小化，而在GMX中運行帶基底的最小化是會崩潰的，因此我在操作時都是先將其去掉，這就意味著，兩種溶劑轉換我需要兩次去基底。個人覺得這樣操作甚為繁瑣。 因此求助各位大俠有無更為簡單的方法，或者更有效的辦法來推翻必須使用兩種體系串著跑的笨鳥方案。腦袋短路，十分苦惱。 |
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3樓2012-03-13 08:47:08
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