wangyoucheng

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[交流] 過(guò)渡態(tài)搜索中反應(yīng)物相關(guān)問(wèn)題

各位蟲(chóng)友好！
我在用MS進(jìn)行過(guò)渡態(tài)搜索前需對(duì)反應(yīng)物進(jìn)行優(yōu)化，若我的反應(yīng)物或生成物是兩種及以上物質(zhì)，那這兩種物質(zhì)在一個(gè)3D文件里怎么放置，之間距離可以隨便放嗎，會(huì)不會(huì)影響最后計(jì)算結(jié)果。我看過(guò)只有一種物質(zhì)的反應(yīng)物和生成物的過(guò)渡態(tài)搜索，不知兩種生成物或產(chǎn)物是否一樣？

共有4個(gè)產(chǎn)物

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1樓 2012-03-14 15:03:43

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wangyoucheng(金幣+1): 謝謝參與

如果一開(kāi)始不知道，哪么拉近點(diǎn)先產(chǎn)生類似范德華力的弱作用力，然后在尋找。

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2樓2012-03-14 16:00:53

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2樓: Originally posted by 369793730 at 2012-03-14 16:00:53:
如果一開(kāi)始不知道，哪么拉近點(diǎn)先產(chǎn)生類似范德華力的弱作用力，然后在尋找。

還是沒(méi)看明白，產(chǎn)生類似范德華的弱作用力是啥意思呢？
我想知道的是這些分析怎么擺放合適，之間的距離有沒(méi)有限制。

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3樓2012-03-14 17:07:07

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寒心雪

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個(gè)人覺(jué)得2樓回答正解，但距離不是最大的問(wèn)題，方向更重要一些。

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4樓2012-04-18 10:10:54

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4樓: Originally posted by 寒心雪 at 2012-04-18 10:10:54:
個(gè)人覺(jué)得2樓回答正解，但距離不是最大的問(wèn)題，方向更重要一些。

這個(gè)方向又怎么確定呢？距離和方向怎么擺放才合適？有沒(méi)有做過(guò)這方面的計(jì)算？

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5樓2012-04-18 15:52:53

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nedved33

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這個(gè)問(wèn)題我也想知道答案，個(gè)人認(rèn)為兩者的距離要進(jìn)行優(yōu)化

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6樓2012-04-21 18:41:27

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zhaolei1696

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wangyoucheng(金幣+1): 謝謝參與

看看過(guò)渡態(tài)的優(yōu)化命令，ts/qts,高斯指南里面有，還有就是2A先分開(kāi)優(yōu)化，再放到一個(gè)3D里面，兩個(gè)分子之間的距離，適當(dāng)就好了，畢竟你想要的是什么，我不知道，是考察氫鍵作用還是別的空間問(wèn)題

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7樓2012-05-03 10:29:23

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7樓: Originally posted by zhaolei1696 at 2012-05-03 10:29:23:
看看過(guò)渡態(tài)的優(yōu)化命令，ts/qts,高斯指南里面有，還有就是2A先分開(kāi)優(yōu)化，再放到一個(gè)3D里面，兩個(gè)分子之間的距離，適當(dāng)就好了，畢竟你想要的是什么，我不知道，是考察氫鍵作用還是別的空間問(wèn)題

我想計(jì)算產(chǎn)物的活化能壘，現(xiàn)在不清楚兩種反應(yīng)物我空間位置擺放問(wèn)題�？臻g位置不一樣，計(jì)算的結(jié)果就不一樣。這樣就不知道哪個(gè)是正確的？

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8樓2012-05-07 08:35:26

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睡眼惺忪的人

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8樓: Originally posted by wangyoucheng at 2012-05-07 08:35:26
我想計(jì)算產(chǎn)物的活化能壘，現(xiàn)在不清楚兩種反應(yīng)物我空間位置擺放問(wèn)題�？臻g位置不一樣，計(jì)算的結(jié)果就不一樣。這樣就不知道哪個(gè)是正確的？...

對(duì)，確實(shí)存在這個(gè)問(wèn)題，不知道樓主最后怎么處理的？

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9樓2017-02-14 20:41:12

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8樓: Originally posted by wangyoucheng at 2012-05-07 08:35:26
我想計(jì)算產(chǎn)物的活化能壘，現(xiàn)在不清楚兩種反應(yīng)物我空間位置擺放問(wèn)題。空間位置不一樣，計(jì)算的結(jié)果就不一樣。這樣就不知道哪個(gè)是正確的？...

對(duì)，確實(shí)存在這個(gè)問(wèn)題，不知道樓主最后怎么處理的？

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10樓2017-02-14 20:41:19

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hopedream

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這么反應(yīng)物，首先應(yīng)該懷疑是不是基元反應(yīng)，如果不是，就不能計(jì)算。如果是，樓主就應(yīng)該看文獻(xiàn)看它們可能位置，不能瞎擺。初始結(jié)構(gòu)決定了是否能收斂。

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11樓2017-02-15 07:34:09

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如果查不到文獻(xiàn)數(shù)據(jù)，你必須嘗試所有可能的結(jié)構(gòu)，擺放的位置，根據(jù)能量最低原理來(lái)篩選，當(dāng)然這必須是相同的物質(zhì)，這樣比較才有意義

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12樓2017-02-15 07:36:27

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