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wangxn06金蟲(chóng) (正式寫手)
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[求助]
mpi并行計(jì)算，錯(cuò)誤提示“p1_xxxxx: p4_error: interrupt SIGSEGV: 11”是什么意思？
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MPI并行計(jì)算的程序，之前在另一臺(tái)集群上跑是可以的，當(dāng)時(shí)用的是intel 編譯器，MPICH2，LINUX系統(tǒng)的版本不太清楚�，F(xiàn)在換了一個(gè)集群也是linux系統(tǒng)，編譯器為GNU,編譯命令為mpif77，但是作業(yè)提交后總是出現(xiàn)這樣的錯(cuò)誤 p1_xxxxx: p4_error: interrupt SIGSEGV: 11 在網(wǎng)上搜了一下，這種叫 段錯(cuò)誤，與內(nèi)存有關(guān)。找到的3種解決辦法（具體情況不同）： 1. http://old.blog.edu.cn/user1/11542/archives/2007/1652099.shtml 在并行作業(yè)中可能會(huì)遇到"p1_xxxxx: p4_error: interrupt SIGSEGV: 11"的錯(cuò)誤，而且作業(yè)會(huì)停止。 這個(gè)錯(cuò)誤可能是因?yàn)槟硞�(gè)進(jìn)程中出現(xiàn)了段錯(cuò)誤引起的,出現(xiàn)了 illegally read/write not-owned memory location的情況。解決的一種辦法是：如果內(nèi)存容量比較大，通過(guò)設(shè)置環(huán)境變量P4_GLOBMEMSIZE 增加其值，比如： export P4_GLOBMEMSIZE=536870912增加到使用512M的內(nèi)存。 2. http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=1542953 最后發(fā)現(xiàn)是數(shù)據(jù)長(zhǎng)度的問(wèn)題，這是由于編譯MPI自動(dòng)識(shí)別的整數(shù)型長(zhǎng)度是4位的，而我在編譯VASP.5.LIB時(shí)沒(méi)有刪掉PGF后面的-i8選項(xiàng)，結(jié)果兩邊沖突，導(dǎo)致內(nèi)存故障報(bào)錯(cuò)。重新編譯VASP.5.LIB，然后編譯VASP，測(cè)試成功 3. http://blog.sina.com.cn/s/blog_40bf31b5010003cu.html p1_xxxxx: p4_error: interrupt SIGSEGV: 11 這個(gè)錯(cuò)誤可能是因?yàn)槟硞�(gè)進(jìn)程中出現(xiàn)了段錯(cuò)誤引起的, 自己出現(xiàn)過(guò)的錯(cuò)誤: 1.只在一個(gè)進(jìn)程中給指針申請(qǐng)空間,而在其他進(jìn)程沒(méi)有申請(qǐng),所以在廣播的時(shí)候出錯(cuò) 2.在一個(gè)進(jìn)程中聯(lián)接mysql數(shù)據(jù)庫(kù),而在所有的進(jìn)程中斷開(kāi)數(shù)據(jù)庫(kù)的聯(lián)接 網(wǎng)上有個(gè)人說(shuō)的很好: "There are 2 things to check. * Run one of the test programs like pi3.f or cpi.c to see whether your cluster's OK. * if it is, the fault is in your code. See if you're exceeding array bounds or accessing memory which you haven't allocated, There's a SIGSEGV error - that's a segmentation violation. That might explain stuff like bm_list_21829: p4_error: interrupt SIGINT: 2 Once you have a seg. violation, all the 4 processors are sent a signal to interrupt the process (SIGINT). Signals are defined in /usr/include/sys/signal.h (at least on the SGIs; might be different on other systems). " 2. p1_10401: p4_error: : 14 1 - MPI_BCAST : Message truncated [1] Aborting program ! [1] Aborting program! 這個(gè)也是由于mpi_bcast的接收空間不夠引起的,要在mpi_bcast之前分配足夠大的空間,這樣就不會(huì)truncated了 請(qǐng)問(wèn)各位怎么對(duì)程序做改動(dòng)，才能避免問(wèn)題的出現(xiàn)？什么是段錯(cuò)誤？ [ Last edited by wangxn06 on 2012-3-19 at 21:55 ] |
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