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luocongqiang鐵蟲 (小有名氣)
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[求助]
PCR-DGGE
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| 在做菌群PCR-DGGE的過程中引物種類和長度的選擇根據(jù)什么來定，不同的引物會不會影響后續(xù)數(shù)據(jù)處理的結(jié)果，請大俠們指點，我應該怎么選擇引物，我想后續(xù)測序，明確知道菌群的種類，是長引物好呢，還是短引物好呢，各有什么優(yōu)缺點啊 謝謝了啊 |
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天鳥
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2樓2012-03-22 09:28:13
【答案】應助回帖
★ ★ ★
感謝參與，應助指數(shù) +1
rainwander: 金幣+3, 鼓勵交流 2012-03-22 16:36:18
感謝參與，應助指數(shù) +1
rainwander: 金幣+3, 鼓勵交流 2012-03-22 16:36:18
| 如果你想做的是知道細菌種類，那可以做V3區(qū)啊，現(xiàn)在做這個的比較多，也比較成熟，引物也都是現(xiàn)成的，比如說F341和R518。如果是做別的基因，可以先查一下相關(guān)文獻，看有沒有人做過，用的什么引物，如果沒有查到再自己設計，目的片段的長度，我覺得四五百以內(nèi)都可以的，無非是長了到時候膠的濃度低點，多跑會，條帶一樣可以很漂亮的。個人覺得自己設計引物還是挺難的，因為DGGE要得到的不是某一個菌的基因，而是一類菌，所以需要選擇這一類的共同的保守序列才可以。 |
3樓2012-03-22 16:27:58
lanhuaorchid
金蟲 (著名寫手)
orchid
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4樓2012-04-13 20:30:10
kiruwa
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5樓2012-04-14 05:17:05
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