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nunup5木蟲 (小有名氣)
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[求助]
用高斯做相互作用能校正
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用高斯做相互作用能校正，報錯信息Center name "(Fragment" is too long，輸入文件完全按照手冊上的內(nèi)容編的，各位大神幫幫忙啊~ [ Last edited by nunup5 on 2012-3-22 at 09:58 ] |
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2樓2012-03-22 10:40:25
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%mem=6GB %LindaWorker=node7-ib %chk=1-I.chk #p sp cam-b3lyp/genecp counterpoise=2 gfinput gfprint iop(6/7=3) 1-I -1,1 0,1 -1,1 Ru(Fragment=1) -0.04595169 -0.25907165 -1.26816463 N (Fragment=1) -0.97329469 0.97784635 0.08836637 C (Fragment=1) -0.39185869 2.03359635 0.72681637 C (Fragment=1) -2.31454169 0.71996735 0.30664737 想用優(yōu)化完的結(jié)構(gòu)直接算一下單點能，結(jié)果讀到分子構(gòu)型的時候就出錯了~ |
3樓2012-03-22 10:44:51
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【答案】應(yīng)助回帖
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nunup5: 金幣+7, ★★★很有幫助, 謝謝，有第二部分的原子，在復(fù)制的時候可能落下了，我回去試試別的泛函！ 2012-03-22 14:04:45
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給你發(fā)一個我算過的正確的計算作用能的輸入文件。供你參考。 %chk=1.chk %nprocshared=8 %mem=10GB #p um062x/6-311+g(3df,2p) scf=(qc,tight) Counterpoise=2 Title Card Required 0,2 0,1 0,2 C(fragment=1) 0.35711600 -0.00413000 0.21825900 C(fragment=1) 0.01598800 -0.02056700 1.69102600 Cl(fragment=1) 2.10840500 -0.23501300 -0.02155400 Cl(fragment=1) -0.12041200 1.56269300 -0.50577800 Cl(fragment=1) -0.51874800 -1.31547100 -0.62890600 H(fragment=1) -1.05940300 0.11303200 1.80898800 H(fragment=1) 0.55235100 0.78626100 2.19064700 H(fragment=1) 0.31914100 -0.97819600 2.11446700 O(fragment=2) -3.02506300 -0.05397700 0.32157600 H(fragment=2) -2.82738700 0.45136900 -0.48636800 你的文件出錯有以下幾個原因。最主要的是你沒寫出碎片2包含的原子。再就是你的計算方法 cam-b3lyp/genecp ，我沒用過這個。你可以將輸入文件換成別的方法，試著跑一下，看還出錯嗎？要是正常的話，就是方法的問題咯 |
7樓2012-03-22 12:18:53
nunup5
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9樓2012-03-22 14:30:12
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【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
nunup5: 金幣+3, ★★★很有幫助, 大哥，你是正解，確實是加空格了呀~ 2012-03-22 18:42:43
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N (Fragment=1) -0.97329469 0.97784635 0.08836637 C (Fragment=1) -0.39185869 2.03359635 0.72681637 C (Fragment=1) -2.31454169 0.71996735 0.30664737 弱弱的問一句，你的原子后面是不是空格了呢？ 如果實在不行，你把（fragment *）全部刪掉，在坐標(biāo)后面加1（或2）試試，例如： H -0.046866 0.1 0.586860 1 Br -0.331864 0.1 -0.801000 1 F 0.396755 0.1 2.739275 2 H 0.584835 0.1 3.641534 2 |
10樓2012-03-22 18:21:42
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