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易沁樺

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[求助] 怎么從解析的文件判斷氫鍵？

從測試處拿回來的有關(guān)氫鍵的文件內(nèi)容如下（兩個樣品的，編號分別為169和314），看不太懂哈，再有，一個H只能成一個氫鍵吧，有兩個的情況應(yīng)該怎么判斷呢？望高手較一下怎么看這個文件，還有怎么取舍，謝謝
exp169
Hydrogen bonds with  H..A < r(A) + 2.000 Angstroms  and   110 deg.
D-H          d(D-H) d(H..A) O5-H5       0.820 2.242 116.36 2.707 O4
O5-H5       0.820 2.311 152.75 3.063 O12

O11-H11       0.820
------------------------------------------------------------------------------
Alternative approximate positions for H attached to O11:
------------------------------------------------------------------------------
N2-H2       0.860
O7-H7       0.820
------------------------------------------------------------------------------
Alternative approximate positions for H attached to O7:
------------------------------------------------------------------------------
O9-H9A       0.820 2.266 113.92 2.705 O8
O9-H9A       0.820 2.334 146.03 3.048 O101

exp314
Hydrogen bonds with  H..A < r(A) + 2.000 Angstroms  and   110 deg.
D-H          d(D-H) d(H..A) O5-H5       0.840 1.973 161.66 2.782 O2 [ -x+1/2, y+1/2, -z+1 ]
O9-H9       0.840
------------------------------------------------------------------------------
Alternative approximate positions for H attached to O9:
------------------------------------------------------------------------------
O10-H10       0.840 2.161 162.02 2.971 O7
O10-H10       0.840 2.240 113.34 2.685 O8

O14-H14       0.840 2.196 146.66 2.934 O13
O14-H14       0.840 2.275 113.22 2.718 O11

N1-H1       0.880

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1樓 2012-03-24 15:28:22

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【答案】應(yīng)助回帖

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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
lichun1210: 金幣+1, 感謝回帖交流~ 2012-03-24 20:42:50

一個氫可以形成多個氫健的，這些氫鍵都挺好的，角度大于110 氫鍵長度不超過3.8的樣子都可以

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2樓2012-03-24 19:53:35

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huangjr: 金幣+1, 感謝熱心幫助~ 2012-03-25 11:56:40

D是供氫體donor 可以是羥基什么的也可以是連碳氫即所謂的經(jīng)典氫鍵和非經(jīng)典氫鍵 A是acceptor 氫接受體就是O N之類的原子那個d（...）是指鍵長還有什么不明白嗎

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3樓2012-03-24 19:59:02

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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
lichun1210: 金幣+1, 感謝回帖交流~ 2012-03-24 20:43:10

exp169
很多沒有形成氫鍵，這樣可能CHECKCIF產(chǎn)生問題。
exp314
也有2個沒有形成氫鍵，可能氫原子角度不對，需要調(diào)整，才能形成氫鍵。

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老歪博

4樓2012-03-24 20:16:30

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2樓: Originally posted by dong.fy at 2012-03-24 19:53:35:
一個氫可以形成多個氫健的，這些氫鍵都挺好的，角度大于110 氫鍵長度不超過3.8的樣子都可以

氫鍵不是有飽和性么，一個氫又怎么成多個氫鍵呢

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5樓2012-03-24 23:49:13

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3樓: Originally posted by dong.fy at 2012-03-24 19:59:02:
D是供氫體donor 可以是羥基什么的也可以是連碳氫即所謂的經(jīng)典氫鍵和非經(jīng)典氫鍵 A是acceptor 氫接受體就是O N之類的原子那個d（...）是指鍵長還有什么不明白嗎

比如O5H5顯示了兩行數(shù)據(jù)，分別和O4和O12，那怎么判斷到底和誰成了氫鍵呢

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6樓2012-03-24 23:51:57

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4樓: Originally posted by p452_1 at 2012-03-24 20:16:30:
exp169
很多沒有形成氫鍵，這樣可能CHECKCIF產(chǎn)生問題。
exp314
也有2個沒有形成氫鍵，可能氫原子角度不對，需要調(diào)整，才能形成氫鍵。

你的意思是解析過程出了問題，調(diào)整了就有氫鍵？判斷沒有成氫鍵的標準和原因請告訴我。
由于這不是我解析的，是送到測試處解析的，我也不懂

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7樓2012-03-24 23:54:35

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huangjr: 金幣+1, 感謝老師熱心幫助~ 2012-03-25 11:56:58

引用回帖:

7樓: Originally posted by 易沁樺 at 2012-03-24 23:54:35:
你的意思是解析過程出了問題，調(diào)整了就有氫鍵？判斷沒有成氫鍵的標準和原因請告訴我。
由于這不是我解析的，是送到測試處解析的，我也不懂

從能量最低最穩(wěn)定的角度考慮，氧上的H原子一般都傾向于與附近的非氫原子形成氫鍵。
你的exp169里頭
O11-H11       0.820
N2-H2       0.860
O7-H7       0.820
這3個H都沒有形成氫鍵。通過調(diào)整氫原子的方向有可能形成氫鍵。另一個化合物亦然。

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老歪博

8樓2012-03-25 01:13:42

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6樓: Originally posted by 易沁樺 at 2012-03-24 23:51:57:
比如O5H5顯示了兩行數(shù)據(jù)，分別和O4和O12，那怎么判斷到底和誰成了氫鍵呢

一個H原子可以形成2個氫鍵，不存在問題。

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老歪博

9樓2012-03-25 01:14:50

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8樓: Originally posted by p452_1 at 2012-03-25 01:13:42:
從能量最低最穩(wěn)定的角度考慮，氧上的H原子一般都傾向于與附近的非氫原子形成氫鍵。
你的exp169里頭
O11-H11       0.820
N2-H2       0.860
O7-H7       0.820
這3個H都沒有形成氫鍵。通過調(diào)整氫原子 ...

嗯，謝謝。
那么O5H5和O9H9是確定成氫鍵了吧，后面都有分別有兩個氧原子，怎么判斷到底和哪個成了氫鍵呢？

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10樓2012-03-25 11:08:54

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