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[求助]
abinit 的幾個問題
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新手用abinit 計算，現(xiàn)在遇到了幾個問題，請求過來人給予指點。 1，在集群上提交任務(wù)的時候，有的時候會出現(xiàn)各個CPU的臨時文件的XXX_LOG_00xx,但有的時候不會出現(xiàn)，這是怎么回事？ 在單機上裝的串行版本的Abinit計算過程中時候，有一個xxx_STATUS文件，可以實時觀察當前的計算進度，從xxx.out文件里面也可以看到類似的計算過程，但是在集群上提交任務(wù)的時候，沒有出現(xiàn)類似xxx.STATUS的文件可以實時觀察當前計算的進程的。把任務(wù)提交上去了，顯示的在runing，但是沒有生成任何的可以觀察到當前計算進度的文件，請問這是為什么？ 2，在集群上提交任務(wù)的時候，一般設(shè)置是這樣的： paral_kgb 1 npkpt 12 npspinor 1 npband 1 npfft 1 bandpp 1 有的時候，對輸入文件僅僅把 npkpt 的值改變一下，比如由12調(diào)成8，計算就類似于無休止了。改制前一個任務(wù)3分鐘就能完成，改后運行幾個小時后還沒有結(jié)束，請問這是怎么回事？ 3，nstep 的應(yīng)該設(shè)置多少，才合理？每次SCF的循環(huán)時間是由什么決定的？ 比如初始我設(shè)定60，很快幾分鐘就運行結(jié)束，提示沒有收斂，需要提高SCF的循環(huán)次數(shù)，所以后來設(shè)成了100或者更高，重新運行，但是運行又類似于陷入死循環(huán)，無休止的很長時間還沒有結(jié)束。我想問一下，這個SCF每次循環(huán)的時間一定嗎？相同嗎？為什么前面60次的循環(huán)一會兒就結(jié)束了，而給出結(jié)果，后來改成100時，僅僅增加40次就需要花費這么久時間?難道每次的循環(huán)時間在逐漸增加？ 4，rprim的設(shè)定。在按照例子進行建模的時候，例子提供了acell 和rprim來構(gòu)建晶胞，在實際應(yīng)用中，rprim好像不是很直觀的得到。比如一些單斜的結(jié)構(gòu)。偶然的一次看到VASP（http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=3234667 ）里面在借助MS建模的時候用.cell文件里面的%BLOCK LATTICE_CART 項，由于這一項包括原胞基矢和晶格常數(shù)，所以為了方便，就把原胞的晶格常數(shù)全部設(shè)成1，用這一項作為.in文件中的rprim，我對一個簡單的例子進行了測試，發(fā)現(xiàn)不是那么管用，計算很長時間了還不收斂，這是為什么？該怎么簡單可以從%BLOCK LATTICE_CART里面得到rprim呢？謝謝 |
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沒有前輩遇到過這樣的情況嗎？ 
2樓2012-03-28 13:45:57
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