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buct2010金蟲 (正式寫手)
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[求助]
染料敏化太陽能電池中有機(jī)染料分子吸附建模求助
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最近看到有計算染料分子在TiO2表面吸附的文獻(xiàn) （J. Phys. Chem. C 2010, 114, 6054-6061）自己也想算用VASP算一些。 我想知道，下圖里面的染料分子（其他的染料有N791，釕配合物N3，羅丹明B等）的模型是怎么建立的？直接從MS導(dǎo)入？還是從哪個數(shù)據(jù)庫查源自坐標(biāo)？希望大家賜教，不勝感激！ |
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【答案】應(yīng)助回帖
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buct2010: 金幣+5, ★有幫助, 我現(xiàn)在找到的結(jié)構(gòu)只有文獻(xiàn)中提到的，沒有具體的結(jié)構(gòu)信息。 2012-03-29 10:42:26
liliangfang: 金幣+2, 謝謝交流 2012-03-30 11:03:11
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
buct2010: 金幣+5, ★有幫助, 我現(xiàn)在找到的結(jié)構(gòu)只有文獻(xiàn)中提到的，沒有具體的結(jié)構(gòu)信息。 2012-03-29 10:42:26
liliangfang: 金幣+2, 謝謝交流 2012-03-30 11:03:11
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這種結(jié)構(gòu)明確的分子，應(yīng)該有結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)吧。 查出來，自己手動建一個相近的分子，然后做結(jié)構(gòu)優(yōu)化，然后就放到TiO2上吸附。 你看這樣怎么樣？ |
3樓2012-03-29 10:28:31
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
buct2010: 金幣+5, ★有幫助, 好的，我已經(jīng)下載了CCDC，先試試看吧，里面沒有的話就自己搭建吧，呵呵 2012-03-29 14:58:42
liliangfang: 金幣+1, 謝謝交流 2012-03-30 11:03:31
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buct2010: 金幣+5, ★有幫助, 好的，我已經(jīng)下載了CCDC，先試試看吧，里面沒有的話就自己搭建吧，呵呵 2012-03-29 14:58:42
liliangfang: 金幣+1, 謝謝交流 2012-03-30 11:03:31
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這種小分子是很容易建立，MS里也有相關(guān)的片段結(jié)構(gòu)，或者用其他的分子構(gòu)建軟件搭建分子，然后將其坐標(biāo)導(dǎo)入到MS中，最后拷到TiO2表面上就可以了。 這種吸附模型不可能有現(xiàn)成的坐標(biāo)文件的，都是需要自己手動搭建。祝你好運(yùn)！ |
5樓2012-03-29 12:17:39
souledge
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6樓2012-03-30 10:52:36
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，我錯了樓主，是吸附7樓2012-03-30 11:12:18
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8樓2012-04-28 09:48:36
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對于分子模型，建議LZ使用Gaussian View或者M(jìn)S建模，非常容易，并且建模后建議用Gaussian或者dmol3進(jìn)行結(jié)構(gòu)優(yōu)化（這樣就不用擔(dān)心建模時要關(guān)注太多的鍵長和鍵角了），優(yōu)化后，再放到盒子里用VASP優(yōu)化，然后在給粘到表面上～ 9樓2012-04-28 12:42:46
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