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不喜歡豆芽木蟲 (小有名氣)
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[求助]
oniom 分層
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大家好,我想問一下關(guān)于oniom計(jì)算的幾個(gè)問題,麻煩大家不吝賜教! (1)我想用oniom計(jì)算小分子與殘基的作用,結(jié)果小分子與蛋白質(zhì)有共價(jià)鍵,這個(gè)共價(jià)鍵在分層的時(shí)候一般要怎么處理呢?可以和殘基的一樣讓GV用氫飽和嗎? (2)還有,看那件manual上說,當(dāng)兩層之間有靜電作用時(shí),最好用電荷嵌入,想問一下這個(gè)兩層只見那怎么才算有靜電作用呢?即在什么情況下用電和嵌入呢? (3)還有,我的一個(gè)體系中含有金屬鈣,而且有共價(jià)鍵,我看了一下amber力場(chǎng)的數(shù)據(jù)庫(kù)里只有他的力常數(shù)和范德華半徑,google了一下,也沒有找到,請(qǐng)問大家誰(shuí)有鈣在AMBER力場(chǎng)中的相關(guān)參數(shù)嗎? |
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