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juliantiger

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引用回帖:

5樓: Originally posted by zzy870720z at 2012-04-01 18:18:08:
這個(gè)文件不在VASP的source code中，應(yīng)該是你自己安裝的

我看很多安裝的說(shuō)明，我使用的是這個(gè)
1. 首先，安裝依賴和 g++ 編譯器
user@~$ sudo pacman -S base-devel libstdc++5

Ubuntu用戶使用以下命令
user@~$ sudo apt-get install build-essential
user@~$ sudo apt-get install libstdc++5

2. 到Intel的官網(wǎng)上下載非商業(yè)版的 Intel® Fortran Compiler for Linux, 這里我使用的是 10.1.018 版;

解壓安裝（為了清理方便，解壓后都在/tmp目錄下）
user@~$ tar -xvf l_fc_p_10.1.018.tar.gz -C /tmp/
user@~$ cd /tmp/l_fc_p_10.1.018/

運(yùn)行安裝腳本
user@/tmp/l_fc_p_10.1.018$ sudo sh install.sh

之后會(huì)出現(xiàn)安裝選項(xiàng)，選1 ;
接下來(lái)問(wèn)你通過(guò)’序列號(hào)網(wǎng)絡(luò)認(rèn)證，還是用 ‘.lic’ 文件認(rèn)證; 我已經(jīng)下了認(rèn)證文件，所以選2后填寫(xiě)認(rèn)證文件的路徑;
因?yàn)锳rch Linux不在支持的系統(tǒng)之列，它會(huì)問(wèn)你是否安裝不支持的版本，yes就可;
默認(rèn)還是高級(jí)安裝，選1 默認(rèn);
一路回車(chē)，到達(dá)接受條款那里，填 accpet ;
選擇安裝目錄，回車(chē)默認(rèn)（/opt/intel/） ;
安裝完畢！

設(shè)置環(huán)境變量
user@~$ source /opt/intel/fc/10.1.018/bin/ifortvars.sh

這個(gè)是零時(shí)解決辦法，應(yīng)該把 ifortvars.sh 腳本中的內(nèi)容加入 /etc/profile 文件中。

3. 到ATLAS的網(wǎng)頁(yè)下載數(shù)學(xué)庫(kù)[ mathlib ]
http://www.netlib.org/atlas/archives/linux/
根據(jù)CPU選擇源文件，我的CPU是Athlon64 3000, 操作系統(tǒng)是x86的, 選擇 atlas3.4.1_Linux_ATHLON.tgz ; 千萬(wàn)別選錯(cuò)數(shù)學(xué)庫(kù)，不然打死你也完不成編譯;
把數(shù)學(xué)庫(kù)解壓到/opt/目錄下( 和ifort同目錄，方便管理 )，
user@~$ sudo tar -xvf atlas3.4.1_Linux_ATHLON.tgz -C /opt/

如果并行編譯的話，到 http://www.mcs.anl.gov/research/projects/mpich2/ 下載mpich2, 這不在本文討論的范圍之內(nèi)。

4. 安裝VASP 4.6

解壓 vasp 和 vasp-lib
user@~$ tar -xvf vasp.4.lib.tar.gz -C /tmp/
user@~$ tar -xvf vasp.4.6.tar.gz -C /tmp/

上面的命令將把vasp和lib解壓到 /tmp/ 目錄下的 vasp.4.lib 目錄和 vasp.4.6 目錄;

編譯 vasp.4.lib, ────> 進(jìn)入源碼目錄，根據(jù)CPU和編譯器選擇makefile文件，并修改編譯命令
user@~$ cd /tmp/vasp.4.lib/
user@/tmp/vasp.4.lib$ vim makefile.linux_ifc_ath
# 19行 FC=ifc ，改為 FC=ifort

user@/tmp/vasp.4.lib$ make -f makefile.linux_ifc_ath
# 編譯獲得 libdmy.a

如果遇到 “ifort: error #10001: could not find directory in which g++ resides”, 則設(shè)置環(huán)境變量 export LC_ALL=C
提示libdmy.a文件是最新，則刪除已編譯的文件 rm ×.o

編譯 vasp.4.6, ────> 進(jìn)入源碼目錄，根據(jù)CPU和編譯器選擇makefile文件，并修改編譯命令
user@~$ cd /tmp/vasp.4.6/
user@/tmp/vasp.4.6$ vim makefile.linux_ifc_ath
# 50行 FC=ifc ，改為 FC=ifort

# 修改atlas數(shù)學(xué)庫(kù)的路徑
# 102行改為 ATLASHOME= /opt/Linux_ATHLON/lib

# 把330行之后的參數(shù) ‘-e95′ 全部刪除，然后編譯
user@/tmp/vasp.4.lib$ make -f makefile.linux_ifc_ath

不刪除參數(shù) ‘-e95′ 會(huì)出現(xiàn)ERROR: “The computed GOTO statement is an obsolescent feature in Fortran 95.” ;
GOTO似乎是 Fortran 95 廢棄的語(yǔ)法

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沒(méi)什么說(shuō)的

11樓2012-04-04 13:45:58

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enola

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★
zzy870720z: 金幣+1, 謝謝建議 2012-04-04 15:41:17

同時(shí)用intel的c++編譯器試試。。。

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timeflies..

12樓2012-04-04 14:44:43

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【答案】應(yīng)助回帖

★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
zzy870720z: 金幣+2, 謝謝指教 2012-04-04 15:41:37
juliantiger: 金幣+2, ★有幫助 2012-04-12 20:39:41

把makefile.linux_ifc_P4 cp成makefile
編輯makefile再make比較方便
你是什么CPU？INTEL的話
你的ALTAS得下P4的，而不能下AMD的

INTEL的CPU還是推薦IFORT+MKL這樣成功率比較高

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13樓2012-04-04 15:04:40

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mengfc

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【答案】應(yīng)助回帖

★
fzx2008: 金幣+1, 謝謝回帖交流！ 2012-04-04 18:09:05

ifort安裝的intel文件夾里面沒(méi)有？？

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14樓2012-04-04 17:56:55

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引用回帖:

13樓: Originally posted by qzhost at 2012-04-04 15:04:40:
把makefile.linux_ifc_P4 cp成makefile
編輯makefile再make比較方便
你是什么CPU？INTEL的話
你的ALTAS得下P4的，而不能下AMD的

INTEL的CPU還是推薦IFORT+MKL這樣成功率比較高

我的是Intel的，所以用的就是P4，也復(fù)制了成了makefile，我正在使用MKL試試了，這個(gè)東西都折磨我了好幾天了

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沒(méi)什么說(shuō)的

15樓2012-04-04 20:24:02

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★
賀儀: 金幣+1, 謝謝參與討論 2012-04-04 23:21:36

引用回帖:

15樓: Originally posted by juliantiger at 2012-04-04 20:24:02:
我的是Intel的，所以用的就是P4，也復(fù)制了成了makefile，我正在使用MKL試試了，這個(gè)東西都折磨我了好幾天了

仔細(xì)看了一下你這個(gè)教程，好像少了點(diǎn)什么
這個(gè)可能是針對(duì)5.2的
如果是4.6的，可能還需要?jiǎng)h掉幾個(gè)#號(hào)
具體自行百度

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16樓2012-04-04 21:23:53

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liliangfang

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【答案】應(yīng)助回帖

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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
zzy870720z: 金幣+1, 鼓勵(lì)交流 2012-04-11 09:32:50
juliantiger: 金幣+8, ★★★很有幫助 2012-04-12 20:59:20

不知道問(wèn)題解決沒(méi)有，這個(gè)僅供參考，方法一樣的不必區(qū)分4.6還是5.2
http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=3753433

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17樓2012-04-07 15:12:11

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引用回帖:

我使用你說(shuō)的IFORT+MKL編譯一下，出現(xiàn)錯(cuò)誤如下：
rm -f vasp
ifort -o vasp main.o base.o mpi.o smart_allocate.o xml.o constant.o jacobi.o main_mpi.o scala.o asa.o lattice.o poscar.o ini.o setex.o radial.o pseudo.o mgrid.o mkpoints.o wave.o wave_mpi.o symmetry.o symlib.o lattlib.o random.o nonl.o nonlr.o dfast.o choleski2.o mix.o charge.o xcgrad.o xcspin.o potex1.o potex2.o metagga.o constrmag.o pot.o cl_shift.o force.o dos.o elf.o tet.o hamil.o steep.o chain.o dyna.o relativistic.o LDApU.o sphpro.o paw.o us.o ebs.o wavpre.o wavpre_noio.o broyden.o dynbr.o rmm-diis.o reader.o writer.o tutor.o xml_writer.o brent.o stufak.o fileio.o opergrid.o stepver.o dipol.o xclib.o chgloc.o subrot.o optreal.o davidson.o edtest.o electron.o shm.o pardens.o paircorrection.o optics.o constr_cell_relax.o stm.o finite_diff.o elpol.o setlocalpp.o fftw3d.o fft3dlib.o /home/julian/fftw/lib/libfftw3.a -L../vasp.4.lib -ldmy ../vasp.4.lib/linpack_double.o -L/opt/intel/composer_xe_2011_sp1.9.293/mkl/lib/intel64 -lmkl_intel_lp64 -lmkl_core -lmkl_sequential -lpthread -L/opt/intel/composer_xe_2011_sp1.9.293/mkl/lib/intel64 -lmkl_intel_lp64 -lmkl_core -lmkl_sequential -lpthread
main.o: In function `MAIN__':
main.f90:(.text+0x3914): undefined reference to `rdatab_'
main.f90:(.text+0x1f89b): undefined reference to `rdatab_'
main.f90:(.text+0x1fbbe): undefined reference to `rdatab_'
main.f90:(.text+0x21f5b): undefined reference to `wforce_'
main.f90:(.text+0x22942): undefined reference to `rdatab_'
main.f90:(.text+0x3b8f8): undefined reference to `wforce_'
main.f90:(.text+0x3c5c8): undefined reference to `wforce_'
main.f90:(.text+0x3cac5): undefined reference to `wforce_'
main.f90:(.text+0x3e4a6): undefined reference to `wforce_'
main.f90:(.text+0x41c56): undefined reference to `wforce_'
main.f90:(.text+0x42d7a): undefined reference to `reopen_'
main.f90:(.text+0x43ef1): undefined reference to `reopen_'
main.f90:(.text+0x44784): undefined reference to `wforce_'
poscar.o: In function `poscar_mp_rd_poscar_head_':
poscar.f90:(.text+0x648): undefined reference to `nitems_'
poscar.f90:(.text+0xa8b): undefined reference to `nitems_'
poscar.f90:(.text+0x107b): undefined reference to `nitems_'
poscar.o: In function `poscar_mp_rd_poscar_':
poscar.f90:(.text+0x15d4): undefined reference to `nitems_'
poscar.o: In function `poscar_mp_outpos_trail_':
poscar.f90:(.text+0x745e): undefined reference to `reopen_'
pseudo.o: In function `pseudo_mp_rd_pseudo_':
pseudo.f90:(.text+0x972): undefined reference to `length_'
pseudo.o: In function `pseudo_mp_rdpars_':
pseudo.f90:(.text+0x8294): undefined reference to `length_'
nonlr.o: In function `nonlr_mp_lreal_compat_mode_':
nonlr.f90:(.text+0x734): undefined reference to `rdatab_'
charge.o: In function `gga_compat_mode_':
charge.f90:(.text+0x498e): undefined reference to `rdatab_'
constrmag.o: In function `constrained_m_modular_mp_constrained_m_reader_':
constrmag.f90:(.text+0x200): undefined reference to `rdatab_'
constrmag.f90:(.text+0x5a2): undefined reference to `rdatab_'
constrmag.f90:(.text+0x976): undefined reference to `rdatab_'
cl_shift.o:cl_shift.f90:(.text+0x1305b): more undefined references to `rdatab_' follow
reader.o: In function `reader_':
reader.f90:(.text+0x274): undefined reference to `strip_'
reader.f90:(.text+0x36b): undefined reference to `rdatab_'
reader.f90:(.text+0x4ff): undefined reference to `rdatab_'
reader.f90:(.text+0x6bf): undefined reference to `rdatab_'
reader.f90:(.text+0x74c): undefined reference to `strip_'
reader.f90:(.text+0x75d): undefined reference to `lower_'
reader.f90:(.text+0x8b6): undefined reference to `rdatab_'
reader.f90:(.text+0x998): undefined reference to `strip_'
reader.f90:(.text+0x9a9): undefined reference to `upper_'
reader.f90:(.text+0xa95): undefined reference to `rdatab_'
reader.f90:(.text+0xc26): undefined reference to `rdatab_'
reader.f90:(.text+0xd10): undefined reference to `strip_'
reader.f90:(.text+0xe25): undefined reference to `rdatab_'
reader.f90:(.text+0xfbc): undefined reference to `rdatab_'
reader.f90:(.text+0x1153): undefined reference to `rdatab_'
reader.f90:(.text+0x12f4): undefined reference to `rdatab_'
reader.f90:(.text+0x14b0): undefined reference to `rdatab_'
reader.o:reader.f90:(.text+0x16e6): more undefined references to `rdatab_' follow
reader.o: In function `reader_':
reader.f90:(.text+0xac6b): undefined reference to `strip_'
reader.f90:(.text+0xac7c): undefined reference to `upper_'
reader.f90:(.text+0xae0b): undefined reference to `rdatab_'
reader.f90:(.text+0xafce): undefined reference to `rdatab_'
reader.f90:(.text+0xb165): undefined reference to `rdatab_'
reader.f90:(.text+0xb34d): undefined reference to `rdatab_'
reader.f90:(.text+0xb432): undefined reference to `rdatab_'
reader.f90:(.text+0xb4b5): undefined reference to `strip_'
reader.f90:(.text+0xb6c9): undefined reference to `rdatab_'
writer.o: In function `writer_mp_writer_reader_':
writer.f90:(.text+0x16c): undefined reference to `rdatab_'
writer.f90:(.text+0x2fc): undefined reference to `rdatab_'
tutor.o: In function `vtutor_':
tutor.f90:(.text+0x8a): undefined reference to `strip_'
fileio.o: In function `fileio_mp_readni_':
fileio.f90:(.text+0xc754): undefined reference to `nitems_'
fileio.f90:(.text+0xc7af): undefined reference to `subwrd_'
fileio.f90:(.text+0xc7d7): undefined reference to `chkint_'
fileio.f90:(.text+0xc85e): undefined reference to `strip_'
fileio.o: In function `fileio_mp_readch_':
fileio.f90:(.text+0xce19): undefined reference to `nitems_'
fileio.f90:(.text+0xce8e): undefined reference to `subwrd_'
fileio.f90:(.text+0xceb6): undefined reference to `chkint_'
fileio.f90:(.text+0xcf44): undefined reference to `strip_'
dipol.o: In function `mdipol_mp_field_reader_':
dipol.f90:(.text+0x187): undefined reference to `rdatab_'
electron.o: In function `elmin_':
electron.f90:(.text+0x4445): undefined reference to `wforce_'
electron.f90:(.text+0x5349): undefined reference to `rdatab_'
electron.f90:(.text+0x6978): undefined reference to `wforce_'
pardens.o: In function `pardens_mp_parchg_':
pardens.f90:(.text+0x67a): undefined reference to `wforce_'
pardens.f90:(.text+0xd98): undefined reference to `wforce_'
pardens.f90:(.text+0x10ce): undefined reference to `clean_'
pardens.f90:(.text+0x10da): undefined reference to `nxtfru_'
pardens.f90:(.text+0x11c1): undefined reference to `clean_'
pardens.f90:(.text+0x11ca): undefined reference to `nxtfru_'
pardens.f90:(.text+0x1948): undefined reference to `nxtfru_'
pardens.f90:(.text+0x1dda): undefined reference to `wforce_'
pardens.f90:(.text+0x4fb0): undefined reference to `wforce_'
pardens.f90:(.text+0x5185): undefined reference to `wforce_'
pardens.f90:(.text+0x5235): undefined reference to `wforce_'
pardens.o: In function `pardensparchg_mp_read_pard_':
pardens.f90:(.text+0x5d94): undefined reference to `wforce_'
pardens.f90:(.text+0x5fb3): undefined reference to `nxtfru_'
pardens.f90:(.text+0x62f8): undefined reference to `rdatab_'
pardens.f90:(.text+0x63fc): undefined reference to `rdatab_'
pardens.f90:(.text+0x6842): undefined reference to `wforce_'
pardens.f90:(.text+0x6935): undefined reference to `rdatab_'
pardens.f90:(.text+0x70ac): undefined reference to `rdatab_'
pardens.f90:(.text+0x75f3): undefined reference to `wforce_'
pardens.f90:(.text+0x769a): undefined reference to `wforce_'
pardens.f90:(.text+0x7737): undefined reference to `wforce_'
pardens.f90:(.text+0x781a): undefined reference to `rdatab_'
pardens.f90:(.text+0x7d19): undefined reference to `wforce_'
pardens.f90:(.text+0x7df5): undefined reference to `rdatab_'
pardens.f90:(.text+0x7eaa): undefined reference to `wforce_'
pardens.f90:(.text+0x7f86): undefined reference to `rdatab_'
pardens.f90:(.text+0x803b): undefined reference to `wforce_'
pardens.f90:(.text+0x81c5): undefined reference to `rdatab_'
pardens.f90:(.text+0x88df): undefined reference to `wforce_'
pardens.f90:(.text+0x89d1): undefined reference to `rdatab_'
pardens.f90:(.text+0x91df): undefined reference to `wforce_'
pardens.o: In function `pardensparchg_mp_write_eigv_':
pardens.f90:(.text+0xa6ae): undefined reference to `wforce_'
paircorrection.o: In function `pair_correction_':
paircorrection.f90:(.text+0x218): undefined reference to `rdatab_'
optics.o: In function `calc_nabij_':
optics.f90:(.text+0x111): undefined reference to `rdatab_'
optics.f90:(.text+0x2db): undefined reference to `rdatab_'
optics.f90:(.text+0x4f9): undefined reference to `rdatab_'
optics.f90:(.text+0x6df): undefined reference to `rdatab_'
elpol.o:elpol.f90:(.text+0x20f2): more undefined references to `rdatab_' follow
make: *** [vasp] Error 1

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18樓2012-04-10 20:47:12

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18樓: Originally posted by juliantiger at 2012-04-10 20:47:12:
我使用你說(shuō)的IFORT+MKL編譯一下，出現(xiàn)錯(cuò)誤如下：
rm -f vasp
ifort -o vasp main.o base.o mpi.o smart_allocate.o xml.o constant.o jacobi.o main_mpi.o scala.o asa.o lattice.o ...

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回復(fù)此樓

19樓2012-04-11 08:55:04

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juliantiger

銅蟲(chóng) (初入文壇)

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注冊(cè): 2011-09-14
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專業(yè): 核物理

謝謝各位，編譯成功了，換了系統(tǒng)就過(guò)了，UBUNTU真是害死人，讓我忙活了兩個(gè)星期

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回復(fù)此樓

沒(méi)什么說(shuō)的

20樓2012-04-12 19:28:40

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