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[求助]
關(guān)于受體的active與inactive狀態(tài)模擬
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假如有一個(gè)膜蛋白受體（GPCR），可以結(jié)合不同的 agonist（激動(dòng)劑）與antagonist（拮抗劑）配體，從而介導(dǎo)不同的信號(hào)通路，前者使得受體active，后者導(dǎo)致其inactive，在結(jié)構(gòu)上的構(gòu)象是不同的。現(xiàn)在有這個(gè)受體與拮抗劑的復(fù)合物晶體，我如何利用這個(gè)結(jié)構(gòu)模擬受體與激動(dòng)劑的結(jié)合呢？因?yàn)榻Y(jié)晶的構(gòu)象是inactive的啊。求攻略。。。 可不可以將復(fù)合物晶體中的拮抗劑去掉，然后跑空載的受體的MD，待穩(wěn)定了之后再dock激動(dòng)劑，是不是就比較合理了呢？還是有其他的辦法？ 謝謝  |
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lovedi: 金幣+5 2012-04-02 11:43:22
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看下這篇文章吧 http://www.pnas.org/content/108/32/13118.abstract 受體從inactive到active需要毫秒級(jí)的時(shí)間，現(xiàn)在的機(jī)器還做不了這個(gè)，再等個(gè)一二十年估計(jì)硬件可以達(dá)到這個(gè)水平 |
2樓2012-04-02 10:30:58
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