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hzdtctc新蟲 (初入文壇)
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[求助]
TRFLP峰與文庫預(yù)期不一致的問題
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得到t-rflp結(jié)果后，發(fā)現(xiàn)峰和用文庫預(yù)期的峰有6bp的差異，如果是系統(tǒng)誤差應(yīng)該沒有這么大，所有實驗得到的峰都比預(yù)期小6bp左右，請問有人遇到過同樣的問題嗎，內(nèi)標(biāo)（我已經(jīng)檢查過沒有問題）？要解決倒是很簡單，把峰右移就行了，因為兩個峰的差值和預(yù)期還是一致的，所以還是能夠說明得到的峰是預(yù)期的那個微生物種群。但是峰差6bp的原因是什么呢？ 比如在圖中兩個峰顯示的是316.6和618.9；但是我通過文庫預(yù)期的是321和625，為什么會有這種差異呢？ |
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不是純菌種呢，是環(huán)境中DNA直接用古菌16s帶熒光的通用引物P的，所以里面是很多古菌的樣本。比如對應(yīng)文庫分析的結(jié)果，我預(yù)期Thermoplasmales是325bp，Methanimicrococcus blatticola是625bp，但是invitrogen的STR做出來分別是316和618，和文庫分析差了6bp，公司認(rèn)為這不是機(jī)器的誤差。我還考慮過是不是可能FAM標(biāo)記引物后會帶來這個誤差，但是別人的文獻(xiàn)中沒有報道類似的問題。所以想看看大家做過的在數(shù)據(jù)處理上沒有碰到過這種問題。 |
6樓2012-04-11 10:27:44
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