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溶劑化效應(yīng)輸入
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請(qǐng)問(wèn)溶劑化效應(yīng)的輸入命令scrf=(pcm,solvent=CH2Cl2,read)和scrf=(pcm,solvent=CH2Cl2)有什么區(qū)別？ 在優(yōu)化好的構(gòu)型的基礎(chǔ)上用大基組進(jìn)行計(jì)算，分別用了上面兩個(gè)命令，發(fā)現(xiàn)得出的能量，以及相關(guān)的自旋密度等數(shù)據(jù)不一樣，請(qǐng)問(wèn)這是怎么回事？ 輸入文件如下： # ub3lyp/gen scrf=(pcm,solvent=CH2Cl2,read) pop=full gfoldprint Title Card Required 0 5 坐標(biāo)數(shù)據(jù) C F N H O Se S 0 6-311+g(d,p) **** Fe 0 S 6 1.00 257539.0000000 0.0002900 38636.9000000 0.0022600 8891.4400000 0.0115200 2544.0100000 0.0456600 844.7770000 0.1403500 312.5270000 0.3142000 S 2 1.00 125.5930000 0.4087800 53.4987000 0.2116300 S 1 1.00 17.7151000 1.0000000 S 1 1.00 7.3767700 1.0000000 S 1 1.00 2.0184700 1.0000000 S 1 1.00 0.7799350 1.0000000 S 1 1.00 0.1142200 1.0000000 S 1 1.00 0.0418890 1.0000000 P 3 1.00 1678.4000000 0.0024900 396.3920000 0.0201500 128.5880000 0.0919900 P 3 1.00 49.1158000 0.2599100 20.5035000 0.4288700 8.9871200 0.3269100 P 1 1.00 3.6824900 1.0000000 P 2 1.00 1.5217500 0.5692500 0.5926840 0.2686300 P 1 1.00 0.2023700 1.0000000 P 1 1.00 0.0627600 1.0000000 D 3 1.00 41.4526000 0.0251100 11.5403000 0.1362600 3.8854300 0.3532300 D 1 1.00 1.3238000 1.0000000 D 1 1.00 0.4166800 1.0000000 D 1 1.00 0.1133000 1.0000000 F 3 1.00 4.5150397 0.1737857 1.6191972 0.5973381 0.6933595 0.3929396 **** 得出的能量是-5988.86472748 a.u. 另一個(gè)輸入文件： # ub3lyp/Gen pop=nboread scrf=(pcm,solvent=CH2Cl2) Title Card Required 0 5 坐標(biāo)數(shù)據(jù) C F N H O Se S 0 6-311+g(d,p) **** Fe 0 S 6 1.00 257539.0000000 0.0002900 38636.9000000 0.0022600 8891.4400000 0.0115200 2544.0100000 0.0456600 844.7770000 0.1403500 312.5270000 0.3142000 S 2 1.00 125.5930000 0.4087800 53.4987000 0.2116300 S 1 1.00 17.7151000 1.0000000 S 1 1.00 7.3767700 1.0000000 S 1 1.00 2.0184700 1.0000000 S 1 1.00 0.7799350 1.0000000 S 1 1.00 0.1142200 1.0000000 S 1 1.00 0.0418890 1.0000000 P 3 1.00 1678.4000000 0.0024900 396.3920000 0.0201500 128.5880000 0.0919900 P 3 1.00 49.1158000 0.2599100 20.5035000 0.4288700 8.9871200 0.3269100 P 1 1.00 3.6824900 1.0000000 P 2 1.00 1.5217500 0.5692500 0.5926840 0.2686300 P 1 1.00 0.2023700 1.0000000 P 1 1.00 0.0627600 1.0000000 D 3 1.00 41.4526000 0.0251100 11.5403000 0.1362600 3.8854300 0.3532300 D 1 1.00 1.3238000 1.0000000 D 1 1.00 0.4166800 1.0000000 D 1 1.00 0.1133000 1.0000000 F 3 1.00 4.5150397 0.1737857 1.6191972 0.5973381 0.6933595 0.3929396 **** $nbo bndidx $end 得出的能量是-5988.86327012 a.u.，在這個(gè)文件中，當(dāng)用scrf=(pcm,solvent=CH2Cl2,read)時(shí)輸入報(bào)錯(cuò)，把read去掉就能正常運(yùn)行。請(qǐng)問(wèn)這是為什么？ |
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zhangmt
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5樓2012-04-07 22:52:07
zhangmt
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1.你沒(méi)有說(shuō)你的Gaussian版本。我假設(shè)是Gaussian03 e01 windows版 在scrf中加read和不加read，只要你已經(jīng)指定溶劑而不是generic方式自定義溶劑，那么，只要你后面沒(méi)有修改esp espinf 以及rsolv，那么得到的結(jié)果能量就應(yīng)該是一致的，你說(shuō)得到能量不一致，有待于分析你的log文件來(lái)尋找原因，你確定分子結(jié)構(gòu)一致？ 2.至于第二個(gè)加read報(bào)錯(cuò)，是因?yàn)槟闱懊娑嗔艘粋�(gè)pop=nboread而隨后你給了$nbo bndidx $end ，這兩個(gè)是相對(duì)應(yīng)的，然而如果加了scrf(read)，Gaussian會(huì)先試圖去讀你指定修改的esp espinf以及rsolv等這些信息，此時(shí)讀到$nbo bndidx $end 讓Gaussian迷惑而報(bào)錯(cuò)。至于前面不出錯(cuò)，那只是Gaussian的容錯(cuò)功能，雖然你給了scrf(read),但你沒(méi)有給任何修正的esp espinf以及rsolv等，那么Gaussian認(rèn)為你開(kāi)了個(gè)玩笑，它會(huì)容忍你的，它默認(rèn)采用自己保存的CH2Cl2的相應(yīng)數(shù)據(jù)而正常忽略scrf(read)的命令。 |
2樓2012-04-06 15:16:33
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謝謝您的回復(fù)。也就是說(shuō)，既然我已經(jīng)指定了溶劑solvent=CH2Cl2，我加和不加read是一樣的（反正我沒(méi)在最后一行自定義溶劑的一些參數(shù)）。 那看來(lái)導(dǎo)致結(jié)果不一樣的原因是因?yàn)榈谝粋�(gè)計(jì)算是用linux版的G03,而第二個(gè)計(jì)算是用linux版的G09。高斯手冊(cè)上也說(shuō)“PCM 形式的某些細(xì)節(jié)與執(zhí)行方式已不同于 Gaussian 03”。再請(qǐng)教您，這個(gè)應(yīng)該怎么理解呢？我要選擇能量的話，G03的合理呢？還是G09的合理呢？ |
3樓2012-04-06 17:10:42
4樓2012-04-07 16:17:13
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