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vasp在集群上進(jìn)行截?cái)嗄軠y試時(shí)如何寫輸入文件
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本人 vasp的新手。在集群上想對(duì)Al-fcc 進(jìn)行一下截?cái)嗄軠y試。我再網(wǎng)上搜了其他人的做法，在提交任務(wù)時(shí)提交了四個(gè)文件POSCAR,POTCAR.KPOINTS和run_e這四個(gè)文件。另外還有一個(gè)運(yùn)行VASP的腳本文件。把run_e文件的權(quán)限也改了，但是運(yùn)行一直會(huì)出現(xiàn)同樣的錯(cuò)誤，out.log文件如下： Error reading item 'IMAGES' from file INCAR. Error reading item 'IMAGES' from file INCAR. Error reading item 'IMAGES' from file INCAR. Error reading item 'IMAGES' from file INCAR. Error reading item 'IMAGES' from file INCAR. Error reading item 'IMAGES' from file INCAR. Job /lsf1/8.0/linux2.6-glibc2.3-x86_64/bin/openmpi_wrapper /share/home/sci_028/sourcecode/vasp.5.2/vasp TID HOST_NAME COMMAND_LINE STATUS TERMINATION_TIME ===== ========== ================ ======================= =================== 00000 blade086 /share/home/sci_ Done 04/09/2012 10:55:18 00001 blade086 /share/home/sci_ Done 04/09/2012 10:55:18 00002 blade086 /share/home/sci_ Done 04/09/2012 10:55:18 00003 blade086 /share/home/sci_ Done 04/09/2012 10:55:18 00004 blade086 /share/home/sci_ Done 04/09/2012 10:55:18 00005 blade086 /share/home/sci_ Done 04/09/2012 10:55:18 不知道是怎么回事，懇請(qǐng)高手指教。謝謝了。下面是我的run_e文件。 #!/bin/sh rm WAVECAR for i in 250 300 350 400 450 500 do cat > INCAR < SYSTEM = Al-fcc ENCUT = $i ISTART = 0 ; ICHARG = 2 ISMEAR = -5 PREC = Accurate ! echo "ENCUT = $i ev" ; time vasp E=`grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.6f\n",$5}'` echo $i $E >> comment done 我在提交時(shí)到底應(yīng)該輸入幾個(gè)文件？ |
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likai0106
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
WDD880227: 金幣+1, 多謝您的耐心幫助~~ 2012-04-10 08:36:46
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| 你不要運(yùn)行vasp這個(gè)腳本是生成不同的INCAR，也就是說你的run_e這個(gè)腳本中集成了vasp的命令。你的run_e應(yīng)該是綠色的就是run_e.sh這種。你運(yùn)行的時(shí)候直接輸入./run_e，如果這樣不行，你把他更名為run_e.sh,之后運(yùn)行sh run_e.sh，還有在time vasp這行一定要改成你集群的路徑，要不是識(shí)別不出vasp的。 |
2樓2012-04-10 07:54:53
3樓2012-04-11 09:36:13
gowoaini131
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4樓2016-01-10 23:55:06
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