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xiuhui木蟲 (正式寫手)
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[求助]
請問minimizer 后一定要收斂嗎？
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Minimize: No convergence after 5000 iterations。 不收斂對后面跑動力學有什么影響嗎？收斂與不收斂有什么區(qū)別嗎？ |
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xiuhui
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4樓2012-04-18 10:27:49
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2樓2012-04-18 09:08:37
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3樓2012-04-18 10:26:11
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【答案】應助回帖
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zh1987hs: 金幣+5, 謝謝 2012-04-18 19:39:35
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你應該在問題里面說明是什么軟件做的，我默認是用ms做的 mini是用簡單的分子力場做能量最小化，算法是用最速下降或共軛梯度，目的是為了做一下初始的結(jié)構(gòu)優(yōu)化，避免后續(xù)的動力學因為結(jié)構(gòu)不合理而出錯。在這個過程中不涉及動力學的東西，也就是說沒有算速度，加速度等等，只是單純的根據(jù)力場求系統(tǒng)的總的勢能。 所以做好min的目的是為了得到好的初始結(jié)構(gòu)，這一步?jīng)]做好，說明你的勢場選擇的有點問題，或者給定的初始結(jié)構(gòu)有問題 理論上來說不會影響后續(xù)的計算，但是初始結(jié)構(gòu)不好，很容易出錯 |
5樓2012-04-18 10:52:01
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