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北京石油化工學(xué)院2026年研究生招生接收調(diào)劑公告

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xiazhiwuxie

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[交流] 預(yù)測(cè)三級(jí)結(jié)構(gòu)

通過(guò)一個(gè)基因，通過(guò)生物信息學(xué)方法，推導(dǎo)得到一段氨基酸序列，想看看其3D結(jié)構(gòu)，但是SWISS-MODEL 弄不出結(jié)果，
- Start BLAST for highly similar template structure identification
- No suitable templates found!
- Run HHSearch to detect remotely related template structures
- Unfortunately, we could not identify useful template structures
用來(lái)其他預(yù)測(cè)三維結(jié)構(gòu)的軟件，也預(yù)測(cè)不出，想問(wèn)下各位，該怎么辦？

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1樓 2012-04-21 18:46:33

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ynkuaile

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這一段氨基酸序列在生物體中確實(shí)存在嗎？有同源蛋白存在嗎？

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2樓2012-04-22 21:22:50

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sunwei57

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小木蟲(chóng): 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖

沒(méi)有同原蛋白的結(jié)構(gòu)作為參考,軟件是預(yù)測(cè)不出高級(jí)結(jié)構(gòu)的

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3樓2012-04-22 22:03:04

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xiazhiwuxie

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引用回帖:

2樓: Originally posted by ynkuaile at 2012-04-22 21:22:50:
這一段氨基酸序列在生物體中確實(shí)存在嗎？有同源蛋白存在嗎？

沒(méi)有同源蛋白結(jié)構(gòu)

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4樓2012-04-23 12:29:59

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rhguo

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zhaohq1209: 金幣+2, 鼓勵(lì)交流。學(xué)習(xí)了~ 2012-04-23 23:09:45

如果這是個(gè)天然蛋白的話(huà)，在swiiss modle找不到同源蛋白說(shuō)明類(lèi)似蛋白還沒(méi)有被解析結(jié)構(gòu)；另外你可以嘗試找與它同一個(gè)蛋白家庭的其它蛋白來(lái)嘗試，確認(rèn)這個(gè)蛋白家庭的結(jié)構(gòu)是否被解析；

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xiazhiwuxie

5樓2012-04-23 14:37:27

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xiazhiwuxie

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5樓: Originally posted by rhguo at 2012-04-23 14:37:27:

具體是怎么做啊?能不能說(shuō)的具體點(diǎn)呢，本來(lái)用HHpred預(yù)測(cè)了一次，但是看不懂結(jié)果。

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6樓2012-04-23 21:16:09

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xiazhiwuxie: 金幣+2 2012-04-26 08:46:57

我覺(jué)得你可以在數(shù)據(jù)庫(kù)中先尋找下同源蛋白，然后再預(yù)測(cè)結(jié)果，

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7樓2012-04-24 08:36:43

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