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cfmzxf84

木蟲 (正式寫手)

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[求助] 關(guān)于GOLD和autodock的打分函數(shù)和自由能計(jì)算

請教，我進(jìn)行小分子和酶的對(duì)接，對(duì)文獻(xiàn)已經(jīng)測定了晶體結(jié)構(gòu)的配合物進(jìn)行redocking，GOLD的重合度要高于autodock的
但是，GOLD的打分函數(shù)好像和能量之間的關(guān)系不是很好。我想看看小分子和酶的binding affinity
想問下，GOLD的打分函數(shù)和能量之間的關(guān)系如何？看官網(wǎng)說
GOLD has been optimised for the prediction of ligand binding positions rather than the prediction of binding affinities. However, we have found that a sub-component of the GOLD scoring function can be more effective, showing a 60% correlation with a test set of known binders. This can be derived from GOLD by summing the external terms of the fitness function. From the rank file of a given ligand, if the results are re-scored using only S(hb_ext) and 1.375 * S(vdw_ext), the correlation with affinity is better than if you use the full score.
S(hb_ext) and 1.375 * S(vdw_ext)是S(hb_ext) +1.375 * S(vdw_ext)嗎？還是S(hb_ext) or1.375 * S(vdw_ext)，具體怎么操作呢？謝謝
順便再請教下GOLD和autodock哪個(gè)精度高？哪個(gè)文獻(xiàn)多？謝謝

[ Last edited by cfmzxf84 on 2012-4-23 at 10:34 ]

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1樓 2012-04-23 10:33:16

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