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ygbxk鐵桿木蟲 (正式寫手)
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[求助]
DGGE系統(tǒng)發(fā)育樹問題
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小弟剛做了個DGGE，割膠測序后，現(xiàn)在想做一個簡單的發(fā)育樹。結(jié)果發(fā)現(xiàn)總是有幾個不同綱的菌跑到一起，或者同一個綱的菌不在一起，這是什么原因？大家一般是怎么處理的啊？因?yàn)槲铱吹饺思业奈恼律�，都是同一個綱的菌能做在一起，而我的有時候怎么也不再一起。比如說1，2，3號條帶是貝塔類的變形菌，應(yīng)該在發(fā)育樹上可以做到一枝上，但是我的1，2號在一起，3號和1，2號之間可能有個伽瑪類的變形菌。這樣怎么處理�。� 另外，DGGE是不是片段太短，所以才容易導(dǎo)致上述情況出現(xiàn)？我又做了幾個克隆文庫，是不是 就完全沒有必要做DGGE的系統(tǒng)發(fā)育了？因?yàn)樯洗巫隽藗�DGGE，審稿人說沒做發(fā)育樹信息不完全，不夠明確。不是這個專業(yè)的，初學(xué)，新手哦，很糾結(jié)啊。說了這么多不知道說明白沒有。 |
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