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cderic鐵桿木蟲 (小有名氣)
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[求助]
Amber10作業(yè)正常提交，但是無".mdcrd"和".rst"結(jié)果文件生成
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利用amber10對酶（不含雜原子和配體）進(jìn)行MD優(yōu)化的時候，前82ns都能正常結(jié)束，但是在讀入82ns產(chǎn)生的“.rst”結(jié)果文件繼續(xù)進(jìn)行MD時，出現(xiàn)奇怪現(xiàn)象： （1）計算不提示錯誤，作業(yè)能夠正常提交，正常運行計算； （2）提交作業(yè)計算幾個小時，".out"生成文件只有短短幾行（如下所示。正常的out文件應(yīng)該是隨著MD進(jìn)行，體系的能量在不斷計算更新的），文件顯示到“| INFO: Old style inpcrd file read”就結(jié)束了。此時在后臺顯示MD仍在正常計算； （3）正常計算過程，只要MD開始計算，即刻生成".mdcrd"和".rst"結(jié)果文件，但是本次MD在同樣條件下計算了將近一天也沒有“.mdcrd”和“.rst”文件生成，請各位高手賜教。 ------------------------------------------------------- Amber 10 SANDER 2008 ------------------------------------------------------- | Run on 04/27/2012 at 12:58:34 [-O]verwriting output File Assignments: | MDIN: equil13_4ns.in | MDOUT: equil13_4ns.out |INPCRD: equil13_2ns.rst | PARM: hces2.prmtop |RESTRT: equil13_4ns.rst | REFC: refc | MDVEL: mdvel | MDEN: mden | MDCRD: equil13_4ns.mdcrd |MDINFO: mdinfo |INPDIP: inpdip |RSTDIP: rstdip |INPTRA: inptraj | Here is the input file: Stage 2 equilibration of hces2 82-84ns &cntrl imin=0,irest=1,ntx=7,cut=8,ntc=2,ntf=2, ntb=2,pres0=1.0,ntp=1,taup=2.0, tempi=300,temp0=300, ntt=3,gamma_ln=1.0, nstlim=1000000,dt=0.002, ntpr=1000,ntwx=10000,ntwr=10000 / -------------------------------------------------------------------------------- 1. RESOURCE USE: -------------------------------------------------------------------------------- | Flags: MPI USE_MPI_IN_PLACE getting new box info from bottom of inpcrd | INFO: Old style inpcrd file read [ Last edited by cderic on 2012-4-28 at 16:00 ] |
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