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xinji

銅蟲(chóng) (小有名氣)

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[求助] 編程時(shí)，多原子體系的初始坐標(biāo)賦值

計(jì)算分子間的勢(shì)能時(shí)，對(duì)多原子體系，例如水，編程時(shí)在給水分配坐標(biāo)時(shí)，應(yīng)該怎么分配啊？水的三個(gè)原子都要分配坐標(biāo)嗎？

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1樓 2012-05-01 23:40:10

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chaizhm

木蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)

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引用回帖:

4樓: Originally posted by xinji at 2012-05-06 12:06:40:
自己用程序設(shè)置，應(yīng)該怎么做呢

自己用程序什么意思？是自己編程嗎？

水分子的每個(gè)原子都是需要給位置的

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壁立萬(wàn)仞，無(wú)欲則剛

5樓2012-05-06 12:37:56

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jiaoyixiong

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chaizhm: 金幣+2, 謝謝~ 2012-05-06 08:52:06

可以用VMD ，packmol 等生成你所需要的水分子，然后導(dǎo)出其坐標(biāo)即可

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2樓2012-05-02 07:46:33

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zhang_jaj

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chaizhm: 金幣+2, 謝謝~ 2012-05-06 08:52:16

可以用ms、vesta等軟件先生成單個(gè)分子的文件（即packmol中的structure文件，可以看出那個(gè)坐標(biāo)是需要分配的），然后用packmol設(shè)定環(huán)境生成所需的坐標(biāo)文件

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3樓2012-05-06 06:47:05

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3樓: Originally posted by zhang_jaj at 2012-05-06 06:47:05:
可以用ms、vesta等軟件先生成單個(gè)分子的文件（即packmol中的structure文件，可以看出那個(gè)坐標(biāo)是需要分配的），然后用packmol設(shè)定環(huán)境生成所需的坐標(biāo)文件

自己用程序設(shè)置，應(yīng)該怎么做呢

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4樓2012-05-06 12:06:40

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