版塊導(dǎo)航: 正在加載中...

登錄注冊

應(yīng)《網(wǎng)絡(luò)安全法》要求，自2017年10月1日起，未進(jìn)行實(shí)名認(rèn)證將不得使用互聯(lián)網(wǎng)跟帖服務(wù)。為保障您的帳號能夠正常使用，請盡快對帳號進(jìn)行手機(jī)號驗(yàn)證，感謝您的理解與支持！

24小時熱門版塊排行榜

返回列表

本帖產(chǎn)生 1 個 1ST強(qiáng)帖，點(diǎn)擊這里進(jìn)行查看

love5264

木蟲 (正式寫手)

應(yīng)助: 108 (高中生)
金幣: 1638
散金: 1407
紅花: 31
帖子: 839
在線: 587小時
蟲號: 771499
注冊: 2009-05-15
專業(yè): 功能陶瓷

[求助] Parallel options設(shè)置求助

siesta-3.1 Parallel options

cpu：i7 2600 4核
看了手冊上關(guān)于BlockSize 和 ProcessorY的說明，請問這兩項應(yīng)該怎么設(shè)置��？

我用的默認(rèn)設(shè)置，計算時輸出文件顯示這兩項分別是24 和 2
如果自己指定應(yīng)該設(shè)為什么？

此外編譯設(shè)定 single precision 和 double precision 哪個計算更快？

回復(fù)此樓

» 猜你喜歡

081700 調(diào)劑 267分已經(jīng)有8人回復(fù)
請教下大家 2026年國家基金申請是雙盲審嗎？已經(jīng)有5人回復(fù)
276求調(diào)劑。有半年電池和半年高分子實(shí)習(xí)經(jīng)歷已經(jīng)有10人回復(fù)
一志愿南航材料專317分求調(diào)劑已經(jīng)有4人回復(fù)
求調(diào)劑已經(jīng)有4人回復(fù)
生物學(xué)學(xué)碩求調(diào)劑已經(jīng)有5人回復(fù)
284求調(diào)劑已經(jīng)有10人回復(fù)
一志愿山東大學(xué)藥學(xué)學(xué)碩求調(diào)劑已經(jīng)有4人回復(fù)
07化學(xué)280分求調(diào)劑已經(jīng)有4人回復(fù)
298-一志愿中國農(nóng)業(yè)大學(xué)-求調(diào)劑已經(jīng)有12人回復(fù)

» 本主題相關(guān)價值貼推薦，對您同樣有幫助:

siesta-3.1編譯成功，但有幾個問題求助已經(jīng)有7人回復(fù)
【求助】安裝siesta2.0.2時如何編譯arch.make？？已經(jīng)有17人回復(fù)
【整理】今天整理硬盤上的資料，偶然發(fā)現(xiàn)的好玩的小東西就直接發(fā)上來吧已經(jīng)有105人回復(fù)
【求助成功】vasp5.2并行安裝不上已經(jīng)有18人回復(fù)
【求助】求詳細(xì)的PWscf并行編譯過程（越詳細(xì)越好，包括各種環(huán)境和參數(shù)的設(shè)置，及軟件?/a> 已經(jīng)有29人回復(fù)

【求助】vasp安裝與編譯問題(100金幣) 已經(jīng)有10人回復(fù)
【求助】vasp并行安裝mpich2的錯誤已經(jīng)有10人回復(fù)
【求助】vasp安裝問題已經(jīng)有27人回復(fù)
【求助】VASP考慮自旋軌道耦合的話，如何編譯已經(jīng)有17人回復(fù)

謀定而動

1樓 2012-05-02 16:23:16

已閱關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

zhangguangping

木蟲 (著名寫手)

1ST強(qiáng)帖: 23
應(yīng)助: 71 (初中生)
貴賓: 0.031
金幣: 1973.1
散金: 9059
紅花: 79
帖子: 2681
在線: 2128.8小時
蟲號: 529624
注冊: 2008-03-20
性別: GG
專業(yè): 原子和分子物理

【答案】應(yīng)助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
liliangfang: 金幣+2, 謝謝指教 2012-05-04 20:55:34
fzx2008: 1ST強(qiáng)帖+1 2012-05-04 20:59:25
fzx2008: 編輯內(nèi)容 2012-05-04 20:59
love5264: 金幣+20, ★★★★★最佳答案, 學(xué)習(xí)了，非常感謝！ 2012-05-05 03:44:48

我所了解的siesta的并行有三個地方：
1.是基函數(shù)的并行
2.是grid的并行
3.是k點(diǎn)的并行

首先說說第3中，這種并行效率非常高，但是前提是k點(diǎn)的數(shù)目比起所用的核數(shù)要多的多，這種情況一般出現(xiàn)在對于金屬體系的計算上:體系比較小，因此基函數(shù)比較少，而要想得到比較好的結(jié)果，需要的k點(diǎn)數(shù)目非常多，所以這個時候k點(diǎn)一般來說是比核數(shù)多的多(起碼比起基函數(shù)相對于核數(shù)來說要多的多)，這種情況下，建議用Diag.ParallelOverK T.
但是采用了這個選項不是說所有的地方都是采用k點(diǎn)并行了，如果涉及到計算“能帶”，“體系的波函數(shù)”這些計算的時候，程序還是采用的是對于軌道的并行。如果你的體系設(shè)置了NonCollinearSpin T,那么也不能使用這個選項。

從上面來看，用戶碰到的大多數(shù)的計算的并行應(yīng)該是在(1)基函數(shù)的并行框架下。

基函數(shù)的并行下，需要確定每一個核上面分得的基函數(shù)的數(shù)目，這個量是由BlockSize控制的。程序會將計算中用到的基函數(shù)的數(shù)目按照BlockSize的數(shù)目依次打包，并且輪回地發(fā)送到各個核上去計算。如果這個數(shù)目太小，那么這個分發(fā)將會很頻繁，大家之后，在并行計算的時候，如果每次分給核的任務(wù)太少，那么這個分發(fā)任務(wù)的時間就顯得很大，這個就降低了計算效率。但是如果每次給核分配的任務(wù)太多，對于依賴于基函數(shù)的計算來說，計算量的大小并不是嚴(yán)格與基函數(shù)的數(shù)目成正比。所以會出現(xiàn)雖然基函數(shù)的數(shù)目每一個核上一樣多，但是計算量卻相差很大，這也出現(xiàn)了負(fù)載不均衡，造成并行效率不高。因此這個數(shù)目需要合適的選擇。如果輸入文件中沒有設(shè)置該選項的話，程序?qū)τ谶@個參數(shù)會做一個選擇：
如果基函數(shù)數(shù)目>24*np,那么BlockSize為24，
如果基函數(shù)數(shù)目<=24*np,那么BlockSize=(基函數(shù)數(shù)目-1)/np+1
其中np表示核的數(shù)目。

同時，有些數(shù)據(jù)是grid類型的，也就是說是空間格點(diǎn)的文件。對于這些數(shù)據(jù)的計算，并行是針對格點(diǎn)并行的，因?yàn)槊恳粋€格點(diǎn)上面的數(shù)據(jù)會和每一個基函數(shù)相關(guān)。程序會把整個體系的大小按照LatticeVectors的形狀和大小以及Meshcutoff的值來沿著三個晶包矢量對體系打網(wǎng)格。而格點(diǎn)對于各個核的分配是在Y和Z方向的劃分。所以將核的數(shù)目也做成一個2D的網(wǎng)格，要求ProcessorY能夠被核數(shù)整除因?yàn)镻rocessorZ的值由np/ProcessorY得到。具體的再怎么將grid格點(diǎn)分配到各個節(jié)點(diǎn)，這個我還不懂。你可以看看程序。對于ProcessorY的尋找，程序也會自動給出一個值，但是只對np是2或3或5的倍數(shù)的np起作用，否則ProcessorY=1。

對于這兩個參數(shù)，我都是讓程序自動給出。這個參數(shù)不同的任務(wù)應(yīng)該是不同的。如果想找最優(yōu)值的話，估計任務(wù)都算出來好幾遍了。

上面僅僅是個人的理解，如有理解不對的地方，請專家指教.

[ Last edited by fzx2008 on 2012-5-4 at 20:59 ]

贊一下

回復(fù)此樓

弘德明志博學(xué)篤行

2樓2012-05-04 20:50:25

已閱關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn) 我要訂閱樓主 love5264 的主題更新